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Article Dans Une Revue Genome Biology Année : 2021

STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs

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Christopher Quince
Sergey Nurk
  • Fonction : Auteur
Sebastien Raguideau
  • Fonction : Auteur
Robert James
  • Fonction : Auteur
Orkun Soyer
  • Fonction : Auteur
J. Kimberly Summers
  • Fonction : Auteur
A. Murat Eren
  • Fonction : Auteur
Rayan Chikhi
Aaron Darling

Résumé

Abstract We introduce STrain Resolution ON assembly Graphs (STRONG), which identifies strains de novo, from multiple metagenome samples. STRONG performs coassembly, and binning into metagenome assembled genomes (MAGs), and stores the coassembly graph prior to variant simplification. This enables the subgraphs and their unitig per-sample coverages, for individual single-copy core genes (SCGs) in each MAG, to be extracted. A Bayesian algorithm, BayesPaths, determines the number of strains present, their haplotypes or sequences on the SCGs, and abundances. STRONG is validated using synthetic communities and for a real anaerobic digestor time series generates haplotypes that match those observed from long Nanopore reads.
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Dates et versions

hal-03443171 , version 1 (25-11-2022)

Identifiants

Citer

Antoine Limasset, Christopher Quince, Sergey Nurk, Sebastien Raguideau, Robert James, et al.. STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs. Genome Biology, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s13059-021-02419-7⟩. ⟨hal-03443171⟩
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