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116 Résultats
Structure : Identifiant HAL de la structure : 374570

Data structures based on k -mers for querying large collections of sequencing data sets

Camille Marchet , Christina Boucher , Simon Puglisi , Paul Medvedev , Mikaël Salson et al.
Genome Research, 2021, 31 (1), pp.1-12. ⟨10.1101/gr.260604.119⟩
Article dans une revue hal-03165261v1
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Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology

Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré , Paul Guertin , Amandine Perrin , Anne Bergeron et al.
BMC Genomics, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
Article dans une revue hal-01396410v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Jérôme Audoux , Nicolas Philippe , Rayan Chikhi , Mikael Salson , Mélina Gallopin et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
Article dans une revue hal-01728770v1

BLight: efficient exact associative structure for k-mers

Antoine Limasset , Camille Marchet , Mael Kerbiriou
Bioinformatics, 2021, 37 (18), pp.2858-2865. ⟨10.1093/bioinformatics/btab217⟩
Article dans une revue hal-03443183v1
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MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes

Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Loïc Couderc , Samuel Blanquart , Hélène Touzet et al.
Article dans une revue hal-01646297v1
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STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs

Antoine Limasset , Christopher Quince , Sergey Nurk , Sebastien Raguideau , Robert James et al.
Genome Biology, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s13059-021-02419-7⟩
Article dans une revue hal-03443171v1
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TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii

Asma S. Khelifa , Cecilia Guillen Sanchez , Kevin M. Lesage , Ludovic Huot , Thomas Mouveaux et al.
Nature Communications, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
Article dans une revue hal-03107529v2
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Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis

Yann Ferret , Aurélie Caillault , Shéhérazade Sebda , Marc Duez , Nathalie Grardel et al.
British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
Article dans une revue hal-01279160v1
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Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data

Leandro Lima , Camille Marchet , Ségolène Caboche , Corinne da Silva , Benjamin Istace et al.
Briefings in Bioinformatics, 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
Article dans une revue hal-02394395v1
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Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics

Léa Siegwald , Hélène Touzet , Yves Lemoine , David Hot , Christophe Audebert et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
Article dans une revue hal-01575755v1

Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications

Maude Pupin , Areski Flissi , Philippe Jacques , Valérie Leclère
European Journal of Plant Pathology, 2018, ⟨10.1007/s10658-018-1544-2⟩
Article dans une revue hal-01937890v1

Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory

Rayan Chikhi , Antoine Limasset , Paul Medvedev
Bioinformatics, 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
Article dans une revue hal-01395704v1
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Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche

Antoine Rousseau , Aurélie Darnaud , Brice Goglin , Céline Acharian , Christine Leininger et al.
[Interne] Inria. 2013, pp.34
Rapport hal-00804915v1
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CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment

Pierre Morisse , Camille Marchet , Antoine Limasset , Thierry Lecroq , Arnaud Lefebvre et al.
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
Communication dans un congrès hal-02435116v1
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1
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Compression et indexation de séquences annotées

Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01758361v1
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01576433v1
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How to make teenage girls love coding ?

Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-01552490v1

Dualities in Tree Representations

Rayan Chikhi , Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01935566v1

LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching

Maude Pupin , Ammar Abdo
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
Article dans une revue hal-03461046v1

Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides

Mickael Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , Maude Pupin , Philippe Jacques et al.
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
Article dans une revue hal-02417587v1
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Novel components at the periphery of long read genome assembly tools

Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02441360v1
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Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis

Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Nam Phuong Kieu , Gabrielle Chataigné , Max Béchet et al.
MicrobiologyOpen, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
Article dans une revue hal-01398944v1
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software

Alexander Sczyrba , Peter Hofmann , Peter Belmann , David Koslicki , Stefan Janssen et al.
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
Article dans une revue hal-01633525v1
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A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43

Florence Maurier , Delphine Beury , Léa Fléchon , Jean-Stéphane Varré , Hélène Touzet et al.
Virology, 2019, 531, pp.141-148. ⟨10.1016/j.virol.2019.03.006⟩
Article dans une revue hal-02167880v1
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Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens

Julie Baltenneck , Ben Moussa , Loïc Couderc , Areski Flissi , Jacques Pédron et al.
4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy
Poster de conférence hal-03721522v1

Detecting MicroRNAs in Plant Genomes with miRkwood

Sylvain Legrand , Isabelle Guigon , Hélène Touzet
Plant Comparative Genomics, 2512, Springer US, pp.103-120, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2429-6_8⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03829719v1

Algorithms and Complexity on Indexing Founder Graphs

Massimo Equi , Tuukka Norri , Jarno Alanko , Bastien Cazaux , Alexandru Tomescu et al.
Article dans une revue hal-03934245v1
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Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2

Hélène Touzet , Mikaël Salson , Claire Lemaitre
Interstices, 2022
Article dans une revue hal-03750389v1

Bipartite Graphs of Small Readability

Rayan Chikhi , Vladan Jovičić , Stefan Kratsch , Paul Medvedev , Martin Milanic et al.
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
Communication dans un congrès hal-01935562v1