Chez le porcelet, la mortalité néonatale affecte la durabilité de la filière et est essentiellement liée à un manque de maturité à la naissance. Cette maturité dépend des interactions fœto-maternelles qui régulent la répartition des ressources entre la mère et le fœtus, impactant le développement fœtal, la santé et le bien-être du nouveau-né. Pour aborder cette question, le projet CO-LOcATION propose une approche intégrative tout génome combinant différents niveaux d’information (transcriptome, métabolome, lipidome, phénotypes de maturité). Il utilise les échantillons provenant du projet ANR PORCINET, qui a généré des génotypes purs de race Large White et Meishan et des croisés réciproques caractérisés par une robustesse contrastée à la naissance. La complexité des phénotypes de maturité sera abordée par l’étude du compromis entre croissance et survie en se focalisant sur les interactions tissulaires et influences génétiques à l’interface foeto-maternelle. Les résultats préliminaires montrent un important changement métabolique et transcriptomique dans l’endomètre entre 90 et 110 jours de gestation (JG) et entre les génotypes maternels (Gmat) et fœtaux (Gfoet). Sur 46 métabolites présents dans l’endomètre, les concentrations de 15 et 14 métabolites discriminent respectivement les JG et les Gmat (OPLS-DA, VIP>1). L’analyse transcriptomique identifie un grand nombre de transcrits différentiels (61% des transcrits exprimés (TE) ; FDR < 0,01) avec beaucoup plus de différences entre les Gmat (52% des TE) qu’entre les JG (34.3% des TE). Dans le placenta, sur les 48 métabolites présents, les concentrations de 20 et 32 métabolites discriminent respectivement les JG et les Gfoet (PLS-DA, VIP>1). Un grand nombre de transcrits varient selon le Gfoet à JG fixé (32% des TE, FDR<0.01) et selon le JG à Gfoet fixé (33,9% des TE, FDR<0.01). Ce projet proposera de nouvelles hypothèses ou stratégies pour améliorer la maturité et la survie des porcelets. GOS 1 - Comprendre et modéliser la variabilité génétique des caractères clés pour la transition agroécologique des élevages : - Approfondir la connaissance du déterminisme génétique des différents caractères mobilisés et en extraire des indicateurs/biomarqueurs - Intégration de ces données de grande dimension et hétérogènes dans des approches de biologie intégrative et prédictive et de modélisation multi-échelle pour explorer les mécanismes d’élaboration des phénotypes, en évaluer la part transmissible, identifier les variants génétiques associés. Priorité 1.1 – Caractériser le déterminisme de nouveaux caractères pour préserver la santé et favoriser le bien-être des animaux : - Travaux sur la survie du jeune et la santé globale - Recherche d’indicateurs précoces de la santé.