Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Papers Year : 2016

Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie

Valentin Loux
Sabine Pérès

Abstract

La production à haut-débit de données biologiques de nature hétérogène nécessite une exploitation et une intégration particulières de celles-ci. Malgré le développement de nombreuses bioontologies, l'organisation de ces données dans un cadre structuré et adaptatif reste perfectible. Nous émettons l'hypothèse qu'une approche systémique multi-échelle de la représentation des processus cellulaires permettrait de progresser dans cette problématique. Pour valider cette démarche, nous avons conçu une modélisation ontologique des processus bactériens nécessaires à l'expression génique. Les relations entre ces processus et leurs molécules participantes ou leurs sous-processus ainsi que leurs modèles ont été formellement décrites. Cette description s'accompagne d'axiomes et de relations supplémentaires sur lesquels un raisonnement automatique est effectué. La représentation des processus réalisée permet leur mise en relation avec leurs modèles et paramètres par inférence. Parallèlement, le raisonnement apporte de nouvelles informations contextuelles de séquentialité, agrégation ou compétition. Notre contribution s'appuie sur les bio-ontologies existantes pour une meilleure interopérabilité.
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Dates and versions

hal-01442727 , version 1 (01-02-2017)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01442727 , version 1

Cite

Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, et al.. Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie. IC2016 - Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France. ⟨hal-01442727⟩
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