Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
Résumé
La production à haut-débit de données biologiques de nature hétérogène nécessite une
exploitation et une intégration particulières de celles-ci. Malgré le développement de nombreuses bioontologies, l'organisation de ces données dans un cadre structuré et adaptatif reste perfectible. Nous
émettons l'hypothèse qu'une approche systémique multi-échelle de la représentation des processus
cellulaires permettrait de progresser dans cette problématique. Pour valider cette démarche, nous avons conçu une modélisation ontologique des processus bactériens nécessaires à l'expression génique. Les relations entre ces processus et leurs molécules participantes ou leurs sous-processus ainsi que leurs modèles ont été formellement décrites. Cette description s'accompagne d'axiomes et de relations supplémentaires sur lesquels un raisonnement automatique est effectué. La représentation des processus réalisée permet leur mise en relation avec leurs modèles et paramètres par inférence. Parallèlement, le raisonnement apporte de nouvelles informations contextuelles de séquentialité, agrégation ou compétition. Notre contribution s'appuie sur les bio-ontologies existantes pour une meilleure interopérabilité.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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