Flaubert évite généralement dans son roman les anachronismes : il ne fait lire à ses personnages ni Darwin, ni Haeckel, ni Spencer, ni Renan, ni Paul Janet. Toutefois ces lectures et certains débats propres aux années 1860­1880 – sur l'évolutionnisme, la création du monde, l'origine de la vie, le positivisme – se trouvent impliqués dans le roman. Deux temporalités se rencontrent : le temps de l'histoire racontée (les années 1840­1850) et le temps de l'écriture et des lectures : les années 1870. De ce point de vue, la mise en scène des thèses de Cuvier par l'imagination des personnages est un cas intéressant. Bouvard et Pécuchet lisent son Discours sur les révolutions de la surface du globe (1821[1]) au chapitre III avant la Révolution de 1848 (dont il sera question au chapitre V). Dans la première moitié du siècle, la théorie de Cuvier sur les époques de la nature, les espèces disparues, les cataclysmes, avait permis de sauver une conception fixiste des espèces ainsi que l'idée religieuse de création. Fort d'un pouvoir institutionnel, Cuvier s'était imposé contre Lamarck, puis contre Geoffroy Saint­Hilaire en 1830 à la suite d'une série de discussions à l'Académie des sciences. Sa méthode empirique semblait garantir la scientificité de sa théorie grâce à une série d'observations géologiques et à la collecte de fossiles alors que ses adversaires avançaient des principes a priori. Mais dans la seconde moitié du siècle, Cuvier est à l'inverse