Dans sa correspondance Flaubert ne cesse de vanter les sciences naturelles comme remède à la « rage de conclure » des métaphysiciens et des théologiens et par là comme source d’apaisement à travers l’étude des faits pour eux-mêmes, indépendamment de toute interrogation sur les causes premières et dernières. Pourtant les personnages flaubertiens confrontés au savoir naturaliste sont loin d’accéder à une quelconque sagesse ataraxique et apparaissent au contraire comme traversés par des émotions et des sentiments intenses : terreur, effroi, fascination. L’étude de la Nature renvoie les individus flaubertiens à l’expérience d’une totalité qui accuse leur finitude et les ouvre sur un infini ; par là elle propose une expérience de l’ordre du sacré, si bien que les sciences naturelles, loin de s’opposer à toute métaphysique, débouchent sur l’appréhension d’un « surnaturalisme immanent », pour parler comme Hugo, qui est à la fois de l’ordre de l’irrationalité grotesque et de la sagesse sublime.