L'optimisation et le développement de nouvelles technologies visant à la réduction du bruit rayonné par les conduits ont été développés à l'Université de Technologie de Compiègne dans laquelle une caractérisation acoustique numérique d'un tronçon cylindrique traité a été effectuée en absence d'écoulement à l'aide de la matrice de diffusion multimodale qui est une caractéristique intrinsèque de ce tronçon. Dans la plus part des applications industrielles faisant intervenir des conduits traités comme les systèmes de ventilation ou les réacteurs d'avion, l'écoulement est présent et constitue un facteur influant sur la propagation acoustique dans ces conduits et qui doit être pris en compte lors de la caractérisation de ces conduits. C'est dans ce cadre que ce travail de développement d'une démarche numérique basée sur la méthode des éléments finis pour caractériser un tronçon traité par le calcul de sa matrice de diffusion en présence d'écoulement uniforme est présenté. Dans ce papier le développement d'un élément fini dont la formulation est basée sur l'équation d'Helmholtz convectée ainsi que la démarche d'obtention de la matrice de diffusion en présence d'écoulement sont détaillés. Les coefficients de la matrice de diffusion, de la dissipation et l'atténuation de la puissance acoustique du conduit étudié calculés avec et sans écoulement sont comparés pour différentes vitesses d'écoulement pour évaluer l'effet d'écoulement sur ces paramètres.