Afin de construire une science avec et pour la société, permettant de faire face aux défis actuels et à venir, de nombreux travaux mentionnent l’intérêt de la participation de citoyens au processus de recherche et d’innovation. Si certaines de ces formes de participation sont très élémentaires et se limitent à de la collecte de données, d’autres formes de participation reposent sur une véritable collaboration entre chercheurs et groupes de citoyens autour d’un même projet et favorisent les interactions entre sciences et société. Au sein du secteur agricole, différents travaux relatent des cas de collaborations entre chercheurs et professionnels agricoles. Cependant, les citoyens, définis comme des acteurs qui ne sont ni des chercheurs ni des professionnels du secteur agricole, ne sont pas inclus dans des processus de recherche et d'innovation. Au cours du XXème siècle, la professionnalisation de l’agriculture a engendré une séparation entre agriculture et société qui a conduit à une méconnaissance du secteur par les citoyens. En parallèle, l’industrialisation du secteur agricole a conduit à des remises en cause de plus en plus forte de certaines pratiques agricoles voir de certaines activités. L’élevage est particulièrement pointé du doigt pour les risques sanitaires qui lui sont associés, son impact sur l’environnement et les conditions de vie des animaux. La collaboration entre des chercheurs, des professionnels agricoles et des citoyens aux savoirs et attentes hétérogènes, au-delà d’être un moyen de recréer du lien, pourrait engendrer de nouvelles dynamiques génératives de connaissances et d’innovations. Néanmoins, les conditions, méthodes et outils pertinents pour accompagner ces formes de collaboration restent à compléter par rapport à la littérature existante. Dans cette thèse j’explore ainsi : comment faire participer les citoyens lors d’un processus de conception au sein d’un projet de recherche participative sur les futurs systèmes d’élevage et quels sont les effets de cette participation sur la génération de connaissances et d’innovations. Pour cela, le cas d’étude est le projet de recherche participative COCCINELLE (CO-Concevoir avec les Citoyens un Nouvel ELevage Laitier Ecologique de montagne) qui a pour ambition de produire des connaissances scientifiques et des solutions innovantes pour l’élevage laitier de demain dans le Massif central. Ce projet est coordonné par des chercheurs et constitué d’un collectif d’une soixantaine d’acteurs du territoire des éleveurs et des conseillers, des représentants des filières et des politiques publiques, des enseignants de lycée agricole et des chercheurs. La stratégie de recherche de la thèse repose principalement sur (i) de l’observation participante du projet de recherche participative (ii) l’élaboration, la mise en place et l’analyse d’un processus de co-conception adapté de la méthode KCP (Knowledge-Concept-Proposal) incluant les citoyens au même titre que des professionnels de l’élevage et des chercheurs et (iii) l’analyse des dynamiques collectives engendrées par le processus de coconception (analyse de matériel vidéo, audio et résultats d’enquêtes qualitatives) Les résultats de la thèse sont structurés en trois axes. Dans un premier temps, je montre que l’inclusion des citoyens au sein du processus de co-conception a permis d’explorer des pistes innovantes pour les futurs systèmes d’élevage. Puis j’explicite les dynamiques génératives de connaissances engendrées lors du processus de co-conception. Pour finir, je présente un outil d’accompagnement et d’analyse des conditions de la participation de l’ensemble des acteurs présents. La thèse, en présentant une méthode permettant la participation des citoyens à la recherche et l’innovation et en évaluant les dynamiques engendrées par cette participation, propose le passage d’une problématique d’acceptabilité sociale de l’élevage à une problématique de co-conception entre citoyens, professionnels de l’élevage et chercheurs.