Génération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique
Résumé
This article introduces a knowledge graph e-infrastructure, the Metabolomic Semantic Data Lake, for contextualizing metabolomics data. It links biological concepts and annotated scientific literature using AI, addressing annotation gaps. Based on Big Data technologies and the Semantic Web, it offers an API for easy data access. FORVM ChemDisease and FORVM Plants graphs enable the analysis of toxicological pathways and the identification of plant biomarkers. The aim is to enhance data integration and interpretation in life sciences.
Cet article présente une e-infrastructure de graphes de connaissances, le "Metabolomic Semantic Data Lake", pour contextualiser les données métabolomiques. Elle relie des concepts biologiques et annote la littérature scientifique grâce à des méthodes issues de l'intelligence artificielle, palliant le manque d'annotation dans certains domaines. Basée sur des technologies Big Data et le Web Sémantique, elle offre une API pour un accès facile aux données. Les graphes FORVM ChemDisease et FORVM Plants permettent d'analyser des voies toxicologiques et d'identifier des biomarqueurs végétaux. L'objectif est d'améliorer l'intégration et l'interprétation des données en sciences de la vie.
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