Communication Dans Un Congrès Année : 2025

Génération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique

Résumé

This article introduces a knowledge graph e-infrastructure, the Metabolomic Semantic Data Lake, for contextualizing metabolomics data. It links biological concepts and annotated scientific literature using AI, addressing annotation gaps. Based on Big Data technologies and the Semantic Web, it offers an API for easy data access. FORVM ChemDisease and FORVM Plants graphs enable the analysis of toxicological pathways and the identification of plant biomarkers. The aim is to enhance data integration and interpretation in life sciences.

Cet article présente une e-infrastructure de graphes de connaissances, le "Metabolomic Semantic Data Lake", pour contextualiser les données métabolomiques. Elle relie des concepts biologiques et annote la littérature scientifique grâce à des méthodes issues de l'intelligence artificielle, palliant le manque d'annotation dans certains domaines. Basée sur des technologies Big Data et le Web Sémantique, elle offre une API pour un accès facile aux données. Les graphes FORVM ChemDisease et FORVM Plants permettent d'analyser des voies toxicologiques et d'identifier des biomarqueurs végétaux. L'objectif est d'améliorer l'intégration et l'interprétation des données en sciences de la vie.

Fichier principal
Vignette du fichier
Filangi_el_al_2025_OVIVE-INRAE_VF2.pdf (180.14 Ko) Télécharger le fichier
Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Licence

Dates et versions

hal-05075616 , version 1 (20-05-2025)

Licence

Identifiants

  • HAL Id : hal-05075616 , version 1

Citer

Olivier Filangi, Guillaume Laisney, David Benaben, Alain Bouchereau, Matéo Boudet, et al.. Génération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique. IN-OVIVE 2025 - 8ème édition de l’Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2025, Dijon, France. ⟨hal-05075616⟩
1376 Consultations
146 Téléchargements

Partager

  • More