Les amphibiens représentent, parmi les vertébrés, la classe qui décline le plus sur Terre. Les causes de ces déclins incluent entre autres les changements climatiques, la destruction des habitats, la pollution et des maladies infectieuses émergentes. Monitorer et protéger les populations d’amphibiens implique souvent des interventions humaines au sein leur habitat naturel (en général en zones humides), avec parfois des manipulations d’individus. Ces interventions peuvent avoir des conséquences délétères tant sur le plan du bien-être animal que celui de la santé, étant donné les risques non-négligeables de propagation anthropique d’agents infectieux pour les amphibiens ou les autres organismes habitant les mêmes milieux. Le manipulateur risque également de contracter une zoonose ou une maladie à réservoir environnemental hydrique (e.g., leptospirose, salmonellose). Ces risques sont rarement considérés lors de la conception de protocoles d’intervention, alors qu’il est important de les atténuer. L’emploi d’équipements de protection et l’utilisation de substances chimiques biocides à visée de désinfection sont souvent indiqués à cet effet, mais trop souvent considérés comme les seules mesures de biosécurité nécessaires. Ces substances pouvant avoir des effets néfastes pour les milieux naturels, en particulier aquatiques, les conséquences (dont la gestion des effluents) et bénéfices de leur utilisation sur le terrain doivent être analysés. La présente revue de littérature a pour but de préconiser une liste de bonnes pratiques de manipulation d’individus et de biosécurité visant à limiter les effets négatifs des interventions humaines sur les amphibiens et leurs milieux, tout en diminuant les risques pour les opérateurs.