Disparues dans les années 1980, les Boutiques des Sciences (BdS) ont fait leur réapparition dans le paysage de la recherche française dans les années 2010. Promues par ceux qui en France soutenaient leur développement en réseau à un niveau international, elles s’inscrivent dans un contexte de changement des relations Sciences-Société. Ces dispositifs d’interface entre une « demande sociale » de résolution de problématiques complexes et la communauté scientifique censée pouvoir y répondre, traduisent le besoin de renouvellement de la place et du rôle des sciences face aux enjeux socio-environnementaux actuels. Les BdS accompagnent ainsi l’élaboration de projets communs entre chercheurs, organisations de la société civile et parfois étudiants. Cet accompagnement se décline en trois catégories opérationnelles marquant le renouveau actuel des BdS : l’intermédiation, la co-construction et l’incubation. Cet article propose d’analyser ce travail spécifique à partir de deux études de cas, décrivant les trajectoires et modalités de fonctionnement de la BdS de Lyon et du dispositif Trait d’Union à Montpellier. Cette comparaison s’intéresse aux modes de gouvernance, aux modalités de réception des demandes de collaboration et à l’incubation des phases de co-construction de projets participatifs accompagnés. Une analyse des impacts de ces dispositifs auprès des acteurs de terrain, des chercheurs et des étudiants est aussi proposée. Cette réflexion permet d’interroger la contribution des BdS aux transformations des rapports Sciences-Société et nourrit les débats qui portent aujourd’hui sur les dimensions épistémologique, éthique, politique et économique de la recherche scientifique et sur la place qui doit revenir à la recherche participative. L’article propose pour finir de s’interroger sur les modalités de soutien nécessaires à la pérennisation et au développement de ce type d’interfaces territoriales, aujourd’hui encore très précaires.