Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows
2 UGent - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
3 LCSB - Luxembourg Centre For Systems Biomedicine
4 OVGU - Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]
5 UFZ - Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research
6 ORNL - Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]
7 MTS - Médicaments et Technologies pour la Santé
8 SPI - Service de Pharmacologie et Immunoanalyse
9 LI2D - Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic
10 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
11 MGP (US 1367) - MetaGenoPolis
12 GQE-Le Moulon - Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale)
13 Anhalt University of Applied Sciences
14 Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems
15 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
16 UMN - University of Minnesota System
17 uni.lu - Université du Luxembourg = University of Luxembourg = Universität Luxemburg
18 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé
19 NC State - North Carolina State University [Raleigh]
20 PAPPSO - Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest
21 LIH - Luxembourg Institute of Health
22 UNISS - Università degli Studi di Sassari = University of Sassari
23 VIB-UGent | CMB - VIB-UGent Center for Medical Biotechnology
24 BAM Federal Institute for Materials Research and Testing
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Résumé
Metaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear. Here, we carry out a community-driven, multi-laboratory comparison in metaproteomics: the critical assessment of metaproteome investigation study (CAMPI). Based on well-established workflows, we evaluate the effect of sample preparation, mass spectrometry, and bioinformatic analysis using two samples: a simplified, laboratory-assembled human intestinal model and a human fecal sample. We observe that variability at the peptide level is predominantly due to sample processing workflows, with a smaller contribution of bioinformatic pipelines. These peptide-level differences largely disappear at the protein group level. While differences are observed for predicted community composition, similar functional profiles are obtained across workflows. CAMPI demonstrates the robustness of present-day metaproteomics research, serves as a template for multi-laboratory studies in metaproteomics, and provides publicly available data sets for benchmarking future developments.
Domaines
| Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
|---|---|
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