Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows

Tim van den Bossche; Benoit Kunath; Kay Schallert; Stephanie Schäpe; Paul Abraham; Jean Armengaud; Magnus Ø. Arntzen; Ariane Bassignani; Dirk Benndorf; Stephan Fuchs; Richard Giannone; Timothy Griffin; Live Hagen; Rashi Halder; Céline Henry; Robert Hettich; Robert Heyer; Pratik Jagtap; Nico Jehmlich; Marlene Jensen; Catherine Juste; Manuel Kleiner; Olivier Langella; Theresa Lehmann; Emma Leith; Patrick May; Bart Mesuere; Guylaine Miotello; Samantha Peters; Olivier Pible; Pedro Queiros; Udo Reichl; Bernhard Renard; Henning Schiebenhoefer; Alexander Sczyrba; Alessandro Tanca; Kathrin Trappe; Jean-Pierre Trezzi; Sergio Uzzau; Pieter Verschaffelt; Martin von Bergen; Paul Wilmes; Maximilian Wolf; Lennart Martens; Thilo Muth

doi:10.1038/s41467-021-27542-8

Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2021

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows

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Tim van den Bossche

Fonction : Auteur
PersonId : 806259
ORCID : 0000-0002-5916-2587

Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique]

Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand

Benoit Kunath

Fonction : Auteur
PersonId : 820742
ORCID : 0000-0002-3356-8562

Luxembourg Centre For Systems Biomedicine

Kay Schallert

Fonction : Auteur
PersonId : 806260
ORCID : 0000-0002-1683-7222

Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]

Stephanie Schäpe

Fonction : Auteur

Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research

Paul Abraham

Fonction : Auteur

Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]

Jean Armengaud

Fonction : Auteur
PersonId : 740098
IdHAL : jean-armengaud
ORCID : 0000-0003-1589-445X
IdRef : 133877280

Médicaments et Technologies pour la Santé

Service de Pharmacologie et Immunoanalyse

Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic

Magnus Ø. Arntzen

Fonction : Auteur
PersonId : 800580
ORCID : 0000-0002-1803-727X

Norwegian University of Life Sciences

Ariane Bassignani

Fonction : Auteur
PersonId : 801578
ORCID : 0000-0001-6267-4519

MetaGenoPolis

Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale)

Dirk Benndorf

Fonction : Auteur
PersonId : 771967
ORCID : 0000-0003-4021-8525

Anhalt University of Applied Sciences

Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems

Stephan Fuchs

Fonction : Auteur
PersonId : 803704
ORCID : 0000-0002-1338-2699

Robert Koch Institute [Berlin]

Richard Giannone

Fonction : Auteur

Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]

Timothy Griffin

Fonction : Auteur
PersonId : 806261
ORCID : 0000-0001-6801-2559

University of Minnesota System

Live Hagen

Fonction : Auteur
PersonId : 806262
ORCID : 0000-0003-2606-5331

Norwegian University of Life Sciences

Rashi Halder

Fonction : Auteur
PersonId : 805238
ORCID : 0000-0002-1402-1254

Université du Luxembourg = University of Luxembourg = Universität Luxemburg

Luxembourg Centre For Systems Biomedicine

Céline Henry

Fonction : Auteur

MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé

Robert Hettich

Fonction : Auteur
PersonId : 803330
ORCID : 0000-0001-7708-786X

Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]

Robert Heyer

Fonction : Auteur
PersonId : 806263
ORCID : 0000-0001-7840-8899

Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]

Pratik Jagtap

Fonction : Auteur
PersonId : 800618
ORCID : 0000-0003-0984-0973

University of Minnesota System

Nico Jehmlich

Fonction : Auteur
PersonId : 793677
ORCID : 0000-0002-5638-6868

Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research

Marlene Jensen

Fonction : Auteur
PersonId : 806264
ORCID : 0000-0001-9351-3996

North Carolina State University [Raleigh]

Catherine Juste

Fonction : Auteur

MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé

Manuel Kleiner

Fonction : Auteur
PersonId : 793242
ORCID : 0000-0001-6904-0287

Olivier Langella

Fonction : Auteur
PersonId : 740636
IdHAL : olivier-langella
ORCID : 0000-0002-3039-6718
IdRef : 253123836

Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale)

Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest

Theresa Lehmann

Fonction : Auteur

Emma Leith

Fonction : Auteur

Patrick May

Fonction : Auteur
PersonId : 764895
ORCID : 0000-0001-8698-3770

Bart Mesuere

Fonction : Auteur
PersonId : 806265
ORCID : 0000-0003-0610-3441

Guylaine Miotello

Fonction : Auteur
PersonId : 1225276
ORCID : 0000-0002-2398-1249

Médicaments et Technologies pour la Santé

Service de Pharmacologie et Immunoanalyse

Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic

Samantha Peters

Fonction : Auteur
PersonId : 800559
ORCID : 0000-0002-3755-9786

Olivier Pible

Fonction : Auteur
PersonId : 794856
IdHAL : olivier-pible
ORCID : 0000-0003-4398-6730

Médicaments et Technologies pour la Santé

Service de Pharmacologie et Immunoanalyse

Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic

Pedro Queiros

Fonction : Auteur

Udo Reichl

Fonction : Auteur

Bernhard Renard

Fonction : Auteur
PersonId : 806266
ORCID : 0000-0003-4589-9809

Henning Schiebenhoefer

Fonction : Auteur
PersonId : 806267
ORCID : 0000-0002-4471-9709

Alexander Sczyrba

Fonction : Auteur
PersonId : 784780
ORCID : 0000-0002-4405-3847

Alessandro Tanca

Fonction : Auteur
PersonId : 806268
ORCID : 0000-0002-6066-7048

Kathrin Trappe

Fonction : Auteur

Robert Koch Institute [Berlin]

Jean-Pierre Trezzi

Fonction : Auteur

Université du Luxembourg = University of Luxembourg = Universität Luxemburg

Luxembourg Institute of Health

Sergio Uzzau

Fonction : Auteur

Università degli Studi di Sassari = University of Sassari [Sassari]

Pieter Verschaffelt

Fonction : Auteur
PersonId : 806269
ORCID : 0000-0002-6675-1048

VIB-UGent Center for Medical Biotechnology

Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand

Martin von Bergen

Fonction : Auteur
PersonId : 801601
ORCID : 0000-0003-2732-2977

Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research

Paul Wilmes

Fonction : Auteur
PersonId : 780490
ORCID : 0000-0002-6478-2924

Université du Luxembourg = University of Luxembourg = Universität Luxemburg

Luxembourg Institute of Health

Maximilian Wolf

Fonction : Auteur

Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]

Lennart Martens

Fonction : Auteur
PersonId : 780316
ORCID : 0000-0003-4277-658X

Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand

VIB-UGent Center for Medical Biotechnology

Thilo Muth

Fonction : Auteur
PersonId : 800758
ORCID : 0000-0001-8304-2684

BAM Federal Institute for Materials Research and Testing

Résumé

Metaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear. Here, we carry out a community-driven, multi-laboratory comparison in metaproteomics: the critical assessment of metaproteome investigation study (CAMPI). Based on well-established workflows, we evaluate the effect of sample preparation, mass spectrometry, and bioinformatic analysis using two samples: a simplified, laboratory-assembled human intestinal model and a human fecal sample. We observe that variability at the peptide level is predominantly due to sample processing workflows, with a smaller contribution of bioinformatic pipelines. These peptide-level differences largely disappear at the protein group level. While differences are observed for predicted community composition, similar functional profiles are obtained across workflows. CAMPI demonstrates the robustness of present-day metaproteomics research, serves as a template for multi-laboratory studies in metaproteomics, and provides publicly available data sets for benchmarking future developments.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio]

Fichier principal

2021_Van Den Bossche_Nature Commun.pdf (2.46 Mo)

Origine	Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Licence	Paternité

Sabine ROSSI : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-04460334

Soumis le : lundi 6 mai 2024-14:23:06

Dernière modification le : lundi 16 décembre 2024-12:12:04

Dates et versions

hal-04460334 , version 1 (06-05-2024)

Licence

Paternité

Identifiants

HAL Id : hal-04460334 , version 1
DOI : 10.1038/s41467-021-27542-8
PUBMED : 34911965
WOS : 000730799500005

Citer

Tim van den Bossche, Benoit Kunath, Kay Schallert, Stephanie Schäpe, Paul Abraham, et al.. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. Nature Communications, 2021, 12 (1), pp. 7305. ⟨10.1038/s41467-021-27542-8⟩. ⟨hal-04460334⟩

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