“Be sustainable”: EOSC‐Life recommendations for implementation of FAIR principles in life science data handling
Romain David
(1)
,
Arina Rybina
(2, 3)
,
Jean‐marie Burel
(4)
,
Jean‐karim Heriche
(5)
,
Pauline Audergon
(6)
,
Jan‐willem Boiten
(7)
,
Frederik Coppens
(8)
,
Sara Crockett
(9)
,
Katrina Exter
(10)
,
Sven Fahrner
(11)
,
Maddalena Fratelli
(12)
,
Carole Goble
(13)
,
Philipp Gormanns
(14)
,
Tobias Grantner
(15)
,
Björn Grüning
(16)
,
Kim Tamara Gurwitz
(5)
,
John Hancock
(17)
,
Henriette Harmse
(18)
,
Petr Holub
(9)
,
Nick Juty
(18, 19)
,
Geoffrey Karnbach
(20)
,
Emma Karoune
(21)
,
Antje Keppler
(2)
,
Jessica Klemeier
(2)
,
Carla Lancelotti
(22)
,
Jean‐luc Legras
(23, 24)
,
Allyson Lister
(25)
,
Dario Livio Longo
(26)
,
Rebecca Ludwig
(7)
,
Bénédicte Madon
(27)
,
Marzia Massimi
(28)
,
Vera Matser
(29)
,
Rafaele Matteoni
(28)
,
Michaela Th Mayrhofer
(9)
,
Christian Ohmann
(30)
,
Maria Panagiotopoulou
(30)
,
Helen Parkinson
(31)
,
Isabelle Perseil
(32)
,
Claudia Pfander
,
Roland Pieruschka
(33)
,
Michael Raess
,
Andreas Rauber
(15)
,
Audrey Richard
(1)
,
Paolo Romano
(34)
,
Antonio Rosato
(35, 36)
,
Alex Sánchez-Pla
(37, 38)
,
Susanna‐assunta Sansone
(39)
,
Ugis Sarkans
(40)
,
Beatriz Serrano-Solano
(5, 41)
,
Jing Tang
(42, 43, 44)
,
Ziaurrehman Tanoli
,
Jonathan Tedds
(19)
,
Harald Wagener
,
Martin Weise
,
Hans Westerhoff
(45)
,
Rudolf Wittner
(9)
,
Jonathan Ewbank
(1)
,
Niklas Blomberg
(19)
,
Philip Gribbon
1
ERINHA-AISBL -
European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents
2 EMBL - European Molecular Biology Laboratory
3 Euro-BioImaging - Euro-BioImaging ERIC Bio-Hub
4 University of Dundee
5 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
6 INSTRUCT ERIC
7 EATRIS - European Advanced Translational Research Infrastructure
8 VIBUGent Center for Plant Systems Biology
9 BBMRI-ERIC - European research infrastructure for biobanking
10 VLIZ - Flanders Marine Institute
11 FZJ - Forschungszentrum Jülich GmbH | Centre de recherche de Jülich | Jülich Research Centre
12 IRCCS - Istituto di Ricerche Farmacologiche "Mario Negri" [Milan, Italy]
13 University of Manchester [Manchester]
14 INFRAFRONTIER GmbH [Neuherberg]
15 TU Wien - Vienna University of Technology = Technische Universität Wien
16 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
17 Univ West England, Dept Appl Sci, Bristol BS16 1QY, Avon, England
18 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
19 ELIXIR Hub [Cambridge]
20 TU Wien - Fakultät für Mathematik und Geoinformation [Wien]
21 Historic England
22 UPF - Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]
23 INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
24 SPO - Sciences Pour l'Oenologie
25 University of Oxford
26 CNR - Consiglio Nazionale delle Ricerche [Bologna]
27 Universidad de Sevilla = University of Seville
28 CNR - National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche
29 The Alan Turing Institute
30 ECRIN - European Clinical Research Infrastructures Network [Dusseldorf]
31 EMBL Heidelberg
32 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
33 IBG - Institute of Bio- and Geosciences [Jülich]
34 IRCCS Ospedale Pediatrico Bambino Gesù = Bambino Gesù Children’s Hospital
35 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
36 Veneto Institute of Oncology IOV-IRCCS [Padua, Italy]
37 ISC - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
38 University of Barcelona
39 Oxford e-Research Centre [Oxford]
40 European Molecular Biology Laboratory [Hinxton]
41 Penn State - Pennsylvania State University
42 CENPERM - Center for Permafrost
43 Department of Physical Geography and Ecosystem Science [Lund]
44 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
45 Department of Molecular Cell Physiology [VU Amsterdam]
2 EMBL - European Molecular Biology Laboratory
3 Euro-BioImaging - Euro-BioImaging ERIC Bio-Hub
4 University of Dundee
5 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
6 INSTRUCT ERIC
7 EATRIS - European Advanced Translational Research Infrastructure
8 VIBUGent Center for Plant Systems Biology
9 BBMRI-ERIC - European research infrastructure for biobanking
10 VLIZ - Flanders Marine Institute
11 FZJ - Forschungszentrum Jülich GmbH | Centre de recherche de Jülich | Jülich Research Centre
12 IRCCS - Istituto di Ricerche Farmacologiche "Mario Negri" [Milan, Italy]
13 University of Manchester [Manchester]
14 INFRAFRONTIER GmbH [Neuherberg]
15 TU Wien - Vienna University of Technology = Technische Universität Wien
16 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
17 Univ West England, Dept Appl Sci, Bristol BS16 1QY, Avon, England
18 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
19 ELIXIR Hub [Cambridge]
20 TU Wien - Fakultät für Mathematik und Geoinformation [Wien]
21 Historic England
22 UPF - Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]
23 INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
24 SPO - Sciences Pour l'Oenologie
25 University of Oxford
26 CNR - Consiglio Nazionale delle Ricerche [Bologna]
27 Universidad de Sevilla = University of Seville
28 CNR - National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche
29 The Alan Turing Institute
30 ECRIN - European Clinical Research Infrastructures Network [Dusseldorf]
31 EMBL Heidelberg
32 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
33 IBG - Institute of Bio- and Geosciences [Jülich]
34 IRCCS Ospedale Pediatrico Bambino Gesù = Bambino Gesù Children’s Hospital
35 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
36 Veneto Institute of Oncology IOV-IRCCS [Padua, Italy]
37 ISC - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
38 University of Barcelona
39 Oxford e-Research Centre [Oxford]
40 European Molecular Biology Laboratory [Hinxton]
41 Penn State - Pennsylvania State University
42 CENPERM - Center for Permafrost
43 Department of Physical Geography and Ecosystem Science [Lund]
44 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
45 Department of Molecular Cell Physiology [VU Amsterdam]
Romain David
- Fonction : Auteur
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Arina Rybina
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Jean‐marie Burel
- Fonction : Auteur
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Jean‐karim Heriche
- Fonction : Auteur
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Jan‐willem Boiten
- Fonction : Auteur
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Frederik Coppens
- Fonction : Auteur
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Sara Crockett
- Fonction : Auteur
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Katrina Exter
- Fonction : Auteur
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Sven Fahrner
- Fonction : Auteur
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Maddalena Fratelli
- Fonction : Auteur
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Carole Goble
- Fonction : Auteur
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Philipp Gormanns
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Tobias Grantner
- Fonction : Auteur
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Björn Grüning
- Fonction : Auteur
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Kim Tamara Gurwitz
- Fonction : Auteur
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John Hancock
- Fonction : Auteur
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Henriette Harmse
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Petr Holub
- Fonction : Auteur
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Nick Juty
- Fonction : Auteur
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Geoffrey Karnbach
- Fonction : Auteur
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Antje Keppler
- Fonction : Auteur
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Jessica Klemeier
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Carla Lancelotti
- Fonction : Auteur
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Jean‐luc Legras
- Fonction : Auteur
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Allyson Lister
- Fonction : Auteur
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Dario Livio Longo
- Fonction : Auteur
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Rebecca Ludwig
- Fonction : Auteur
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Bénédicte Madon
- Fonction : Auteur
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Marzia Massimi
- Fonction : Auteur
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Vera Matser
- Fonction : Auteur
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Rafaele Matteoni
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Michaela Th Mayrhofer
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Christian Ohmann
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Maria Panagiotopoulou
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Isabelle Perseil
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Claudia Pfander
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Roland Pieruschka
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Jing Tang
- Fonction : Auteur
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Ziaurrehman Tanoli
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Jonathan Tedds
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Harald Wagener
- Fonction : Auteur
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Rudolf Wittner
- Fonction : Auteur
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Jonathan Ewbank
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Niklas Blomberg
- Fonction : Auteur
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Philip Gribbon
- Fonction : Auteur
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Résumé
The main goals and challenges for the life science communities in the Open Science framework are to increase reuse and sustainability of data resources, software tools, and workflows, especially in large‐scale data‐driven research and computational analyses. Here, we present key findings, procedures, effective measures and recommendations for generating and establishing sustainable life science resources based on the collaborative, cross‐disciplinary work done within the EOSC‐Life (European Open Science Cloud for Life Sciences) consortium. Bringing together 13 European life science research infrastructures, it has laid the foundation for an open, digital space to support biological and medical research. Using lessons learned from 27 selected projects, we describe the organisational, technical, financial and legal/ethical challenges that represent the main barriers to sustainability in the life sciences. We show how EOSC‐Life provides a model for sustainable data management according to FAIR (findability, accessibility, interoperability, and reusability) principles, including solutions for sensitive‐ and industry‐related resources, by means of cross‐disciplinary training and best practices sharing. Finally, we illustrate how data harmonisation and collaborative work facilitate interoperability of tools, data, solutions and lead to a better understanding of concepts, semantics and functionalities in the life sciences.
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