Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples
Xiaole Yin
(1)
,
Xi Chen
(1)
,
Xiao-Tao Jiang
(2)
,
Ying Yang
(3)
,
Bing Li
(4)
,
Marcus Ho-Hin Shum
(1)
,
Tommy Lam
(1)
,
Gabriel Leung
(5)
,
Joan Rose
(6)
,
Concepcion Sanchez-Cid
(7)
,
Timothy M. Vogel
(7)
,
Fiona Walsh
,
Thomas Berendonk
,
Janet Midega
,
Chibuzor Uchea
,
Dominic Frigon
,
Gerard Wright
,
Carlos Bezuidenhout
,
Renata Picão
,
Shaikh Ahammad
,
Per Halkjær Nielsen
,
Philip Hugenholtz
,
Nicholas Ashbolt
,
Gianluca Corno
,
Despo Fatta-Kassinos
,
Helmut Bürgmann
,
Heike Schmitt
,
Chang-Jun Cha
,
Amy Pruden
,
Kornelia Smalla
,
Eddie Cytryn
,
Yu Zhang
,
Min Yang
,
Yong-Guan Zhu
,
Arnaud Dechesne
,
Barth Smets
,
David Graham
,
Michael Gillings
,
William Gaze
,
Célia Manaia
,
Mark van Loosdrecht
,
Pedro Alvarez
,
Martin Blaser
,
James Tiedje
,
Edward Topp
,
Tong Zhang
1
HKU -
The University of Hong Kong
2 UNSW - University of New South Wales [Sydney]
3 Sun Yat-sen University
4 Tsinghua Shenzhen International Graduate School [Shenzhen]
5 HKSTP - Hong Kong Science and Technology Parks Corporation
6 Michigan State University [East Lansing]
7 BioIng - Ampère, Département Bioingénierie
2 UNSW - University of New South Wales [Sydney]
3 Sun Yat-sen University
4 Tsinghua Shenzhen International Graduate School [Shenzhen]
5 HKSTP - Hong Kong Science and Technology Parks Corporation
6 Michigan State University [East Lansing]
7 BioIng - Ampère, Département Bioingénierie
Bing Li
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318214
- ORCID : 0000-0002-7161-0477
Concepcion Sanchez-Cid
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1154617
- ORCID : 0000-0001-6154-3955
Timothy M. Vogel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 174855
- IdHAL : timothy-m-vogel
- ORCID : 0000-0002-9542-3246
- IdRef : 068676611
Fiona Walsh
- Fonction : Auteur
Thomas Berendonk
- Fonction : Auteur
Janet Midega
- Fonction : Auteur
Chibuzor Uchea
- Fonction : Auteur
Dominic Frigon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318215
- ORCID : 0000-0003-1587-8943
Gerard Wright
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1263396
- ORCID : 0000-0002-9129-7131
Carlos Bezuidenhout
- Fonction : Auteur
Renata Picão
- Fonction : Auteur
Shaikh Ahammad
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318216
- ORCID : 0000-0002-4459-0239
Per Halkjær Nielsen
- Fonction : Auteur
Philip Hugenholtz
- Fonction : Auteur
Nicholas Ashbolt
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318217
- ORCID : 0000-0002-3853-0096
Gianluca Corno
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318218
- ORCID : 0000-0002-7423-8797
Despo Fatta-Kassinos
- Fonction : Auteur
Helmut Bürgmann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318219
- ORCID : 0000-0002-5651-5906
Heike Schmitt
- Fonction : Auteur
Chang-Jun Cha
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318220
- ORCID : 0000-0002-2210-2898
Amy Pruden
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318221
- ORCID : 0000-0002-3191-6244
Kornelia Smalla
- Fonction : Auteur
Eddie Cytryn
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318222
- ORCID : 0000-0003-4539-9652
Yu Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318223
- ORCID : 0000-0003-1017-4170
Min Yang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318224
- ORCID : 0000-0002-9034-3175
Yong-Guan Zhu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318225
- ORCID : 0000-0003-3861-8482
Arnaud Dechesne
- Fonction : Auteur
Barth Smets
- Fonction : Auteur
David Graham
- Fonction : Auteur
Michael Gillings
- Fonction : Auteur
William Gaze
- Fonction : Auteur
Célia Manaia
- Fonction : Auteur
Mark van Loosdrecht
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1160680
- ORCID : 0000-0003-0658-4775
Pedro Alvarez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318226
- ORCID : 0000-0002-6725-7199
Martin Blaser
- Fonction : Auteur
James Tiedje
- Fonction : Auteur
Edward Topp
- Fonction : Auteur
Tong Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1318227
- ORCID : 0000-0003-1148-4322
Résumé
Surveillance of antibiotic resistance genes (ARGs) has been increasingly conducted in environmental sectors to complement the surveys in human and animal sectors under the “One-Health” framework. However, there are substantial challenges in comparing and synthesizing the results of multiple studies that employ different test methods and approaches in bioinformatic analysis. In this article, we consider the commonly used quantification units (ARG copy per cell, ARG copy per genome, ARG density, ARG copy per 16S rRNA gene, RPKM, coverage, PPM, etc.) for profiling ARGs and suggest a universal unit (ARG copy per cell) for reporting such biological measurements of samples and improving the comparability of different surveillance efforts.