Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Environmental Science and Technology Année : 2023

Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples

Ying Yang
  • Fonction : Auteur
Timothy M. Vogel
Fiona Walsh
  • Fonction : Auteur
Thomas Berendonk
  • Fonction : Auteur
Janet Midega
  • Fonction : Auteur
Chibuzor Uchea
  • Fonction : Auteur
Dominic Frigon
Gerard Wright
Carlos Bezuidenhout
  • Fonction : Auteur
Renata Picão
  • Fonction : Auteur
Shaikh Ahammad
Per Halkjær Nielsen
  • Fonction : Auteur
Philip Hugenholtz
  • Fonction : Auteur
Nicholas Ashbolt
Gianluca Corno
Despo Fatta-Kassinos
  • Fonction : Auteur
Helmut Bürgmann
Heike Schmitt
  • Fonction : Auteur
Chang-Jun Cha
Amy Pruden
Kornelia Smalla
  • Fonction : Auteur
Eddie Cytryn
Yu Zhang
Min Yang
Yong-Guan Zhu
Arnaud Dechesne
  • Fonction : Auteur
Barth Smets
  • Fonction : Auteur
David Graham
  • Fonction : Auteur
Michael Gillings
  • Fonction : Auteur
William Gaze
  • Fonction : Auteur
Célia Manaia
  • Fonction : Auteur
Mark van Loosdrecht
Pedro Alvarez
Martin Blaser
  • Fonction : Auteur
James Tiedje
  • Fonction : Auteur
Edward Topp
  • Fonction : Auteur
Tong Zhang

Résumé

Surveillance of antibiotic resistance genes (ARGs) has been increasingly conducted in environmental sectors to complement the surveys in human and animal sectors under the “One-Health” framework. However, there are substantial challenges in comparing and synthesizing the results of multiple studies that employ different test methods and approaches in bioinformatic analysis. In this article, we consider the commonly used quantification units (ARG copy per cell, ARG copy per genome, ARG density, ARG copy per 16S rRNA gene, RPKM, coverage, PPM, etc.) for profiling ARGs and suggest a universal unit (ARG copy per cell) for reporting such biological measurements of samples and improving the comparability of different surveillance efforts.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-04315013 , version 1 (29-11-2023)

Identifiants

Citer

Xiaole Yin, Xi Chen, Xiao-Tao Jiang, Ying Yang, Bing Li, et al.. Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples. Environmental Science and Technology, 2023, 57 (26), pp.9713-9721. ⟨10.1021/acs.est.3c00159⟩. ⟨hal-04315013⟩
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