Les relations phylogénétiques au sein du groupe-couronne Crocodylia sont toujours débattues, selon les différents résultats obtenus par les hypothèses morphologiques et moléculaires. Les matrices morphologiques sont traditionnellement construites avec des caractères externes, passant sous silence les structures internes, malgré la disparité de formes observée chez les crocodiliens. Etudier l’anatomie endocrânienne est donc importante pour mieux comprendre l’évolution morphologique des crocodiliens, et chercher des caractères indépendants des convergences crâniennes. Dans cette étude, nous présentons des analyses en morphométrie géométrique 3D d’une large base données de crocodiliens actuels et subfossiles, où nous nous intéressons au sinus intertympanique. Cette cavité remplie d’air est située dorsalement au cerveau et entre les oreilles moyennes, et possède une morphologie qui change durant le développement et entre groupes taxonomiques (Perrichon et al., 2023). Nous montrons que tout les juvéniles possèdent la même morphologie, mais que la croissance post-éclosion diverge et est modulée par la forme du crâne, particulièrement chez les espèces longirostres. Cependant, les trajectoires développementales et la forme du sinus à l’âge adulte permettent de différencier les spécimens au rang familial, générique et même spécifique. Chez Crocodylus, des différences morphologiques sont également associées à des clusters biogéographiques. Cette approche est indépendante des méthodes moléculaires mais corrobore ces mêmes topologies, montrant que l’inclusion des sinus dans des matrices morphologiques pourrait permettre de résoudre des affiliations contentieuses.