Génération de réseaux moléculaires depuis la plateforme Worflow4Metabolomics - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Poster De Conférence Année : 2022

Génération de réseaux moléculaires depuis la plateforme Worflow4Metabolomics

Résumé

Les réseaux moléculaires sont maintenant pleinement intégrés dans les démarches de déréplication de mélanges complexes et permettent d’accéder de manière visuelle et interactive à l’ensemble du jeu de données MS et MS/MS tout en proposant des annotations robustes via la recherche dans des bases de données publiques. En amont du calcul des réseaux moléculaires par GNPS [1] ou MetGem [2], plusieurs workflows sont disponibles pour extraire et exporter les données MS et MS/MS sous la forme de fichier mgf et csv (metadata). Alors que MzMine2 [3] est actuellement l’outil le plus populaire dans ce domaine, la plateforme française Worklow4Metabolomics (W4M) [4] offre de nombreux avantages en termes de programmation fine des opérations de traitement de données et la possibilité d’accès à un serveur dédié de calculs pour accélérer les tâches. Il apparait donc important d’explorer la possibilité d’interfacer W4M et MetGem afin d’offrir une solution intégrée à la communauté scientifique en métabolomique. Matériel et méthodes Le logiciel MetGem [2] a été mis à jour vers la version 1.4. Le code a été déposé sur la plateforme Github (https://github.com/metgem/metgem). Dans l’objectif d’intégrer MetGem[2] à la plateforme W4M [4], une version en ligne de commande a été ajoutée. Un workflow W4M a ensuite été développé (https://github.com/workflow4metabolomics/tools-metabolomics). Résultats Le workflow W4M développé permet de générer des réseaux moléculaires en utilisant en entrée une liste de spectres MS/MS au format MSP (NIST Text Format of Individual Spectra) et une table de métadonnées au format CSV (Comma Separated Values) . Ces données peuvent être produites soit via MZMine2, soit via msPurity qui est intégré dans W4M. L’utilisateur peut modifier de multiples paramètres influençant le calcul des scores de similarité entre les spectres MS/MS puis ajouter autant de visualisations (réseaux classiques ou t-SNE) que nécessaire. Il est ainsi possible de générer plusieurs visualisations du même type avec des paramètres différents pour affiner le choix des paramètres de visualisation. En sortie, l’utilisateur récupérera un fichier qui pourra ensuite être ouvert et modifié par MetGem 1.4 une fois téléchargé. Discussion L’intégration à W4M permet aux utilisateurs de disposer d’un workflow complet pour générer des réseaux moléculaires. Les données brutes peuvent être traitées via msPurity [6] pour en extraire des features qui seront ensuite représentées sous la forme de réseaux moléculaires par MetGem [2]. L’utilisateur peut ainsi bénéficier de la puissance de calcul des serveurs W4Mpour accélérer les différentes étapes de génération d’un réseau gourmandes en temps de calcul, notamment le calcul des scores de similarité et la visualisation t-SNE, le tout en profitant de l’interactivité de MetGem dans lequel il est possible de modifier les paramètres de visualisation sans avoir à recalculer les scores de similarité. [1] 10.1038/nbt.3597 [2] 10.1021/acs.analchem.8b03099 [3] 10.1186/1471-2105-11-395 [4] 10.1093/bioinformatics/btu813 [5] https://chemdata.nist.gov/mass-spc/ms-search/docs/Ver20Man_11.pdf#page=47 [6] 10.1021/acs.analchem.6b04358
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Poster_Nicolas_Analytics_2022.pdf (672.04 Ko) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-04264248 , version 1 (30-10-2023)

Identifiants

  • HAL Id : hal-04264248 , version 1

Citer

Nicolas Elie, Yann Guitton, David Touboul. Génération de réseaux moléculaires depuis la plateforme Worflow4Metabolomics. Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France. 2022. ⟨hal-04264248⟩
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