Africa-specific human genetic variation near CHD1L associates with HIV-1 load - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Année : 2023

Africa-specific human genetic variation near CHD1L associates with HIV-1 load

Paul J. Mclaren
Immacolata Porreca
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Gennaro Iaconis
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Hoiping Mok
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Subhankar Mukhopadhyay
Emre Karakoc
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Sara Cristinelli
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Cristina Pomilla
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István Bartha
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Christian W. Thorball
Riley H. Tough
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Paolo Angelino
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Cher Shen Kiar
Tommy Carstensen
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Segun A. Fatumo
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Tarryn Porter
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Isobel Jarvis
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William C. Skarnes
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Andrew Roger Bassett
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Marianne K. Degorter
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Mohana Prasad Sathya Moorthy
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Jeffrey F. Tuff
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Eun-Young Kim
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Miriam Walter
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Lacy M. Simons
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Arman A. Bashirova
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Susan P. Buchbinder
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Mary N. Carrington
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Andrea Cossarizza
Andrea M. de Luca
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James Jerome Goedert
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David B. Goldstein
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David William Haas
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Joshua T. Herbeck
Eric Otto Johnson
Pontiano P. Kaleebu
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William Kilembe
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Gregory D. Kirk
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Neeltje A. Kootstra
Alex H. Kral
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Ma Luo
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Simon Alexander Mallal
Javier Martinez-Picado
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José María Miro
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Pravi Moodley
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Ayesha A. Motala
James I. Mullins
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Kireem Nam
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Niels Obel
Fraser J. Pirie
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Francis A. Plummer
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Guido Poli
Matt A. Price
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Andri Rauch
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Alexandra Trkola
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Bruce D. Walker
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Cheryl Ann Winkler
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Stephen B. Montgomery
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Angela Ciuffi
Judd F. Hultquist
Steven M. Wolinsky
Gordon J. Dougan
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Andrew Michael Lindsay Lever
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Deepti Gurdasani
Harriet Cordelia Theed Groom
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Manjinder Singh Sandhu
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Jacques Fellay

Résumé

HIV-1 remains a global health crisis1, highlighting the need to identify new targets for therapies. Here, given the disproportionate HIV-1 burden and marked human genome diversity in Africa2, we assessed the genetic determinants of control of set-point viral load in 3,879 people of African ancestries living with HIV-1 participating in the international collaboration for the genomics of HIV3. We identify a previously undescribed association signal on chromosome 1 where the peak variant associates with an approximately 0.3 log10-transformed copies per ml lower set-point viral load per minor allele copy and is specific to populations of African descent. The top associated variant is intergenic and lies between a long intergenic non-coding RNA (LINC00624) and the coding gene CHD1L, which encodes a helicase that is involved in DNA repair4. Infection assays in iPS cell-derived macrophages and other immortalized cell lines showed increased HIV-1 replication in CHD1L-knockdown and CHD1L-knockout cells. We provide evidence from population genetic studies that Africa-specific genetic variation near CHD1L associates with HIV replication in vivo. Although experimental studies suggest that CHD1L is able to limit HIV infection in some cell types in vitro, further investigation is required to understand the mechanisms underlying our observations, including any potential indirect effects of CHD1L on HIV spread in vivo that our cell-based assays cannot recapitulate.

Dates et versions

hal-04194854 , version 1 (04-09-2023)

Identifiants

Citer

Paul J. Mclaren, Immacolata Porreca, Gennaro Iaconis, Hoiping Mok, Subhankar Mukhopadhyay, et al.. Africa-specific human genetic variation near CHD1L associates with HIV-1 load. Nature, 2023, ⟨10.1038/s41586-023-06370-4⟩. ⟨hal-04194854⟩
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