Africa-specific human genetic variation near CHD1L associates with HIV-1 load
Paul J. Mclaren
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Immacolata Porreca
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Gennaro Iaconis
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Hoiping Mok
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Subhankar Mukhopadhyay
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Emre Karakoc
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Sara Cristinelli
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Cristina Pomilla
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István Bartha
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Christian W. Thorball
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Riley H. Tough
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Paolo Angelino
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Cher Shen Kiar
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Tommy Carstensen
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Segun A. Fatumo
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Tarryn Porter
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Isobel Jarvis
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William C. Skarnes
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Andrew Roger Bassett
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Marianne K. Degorter
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Mohana Prasad Sathya Moorthy
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Jeffrey F. Tuff
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Eun-Young Kim
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Miriam Walter
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Lacy M. Simons
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Arman A. Bashirova
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Susan P. Buchbinder
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Mary N. Carrington
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Andrea Cossarizza
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Andrea M. de Luca
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James Jerome Goedert
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David B. Goldstein
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David William Haas
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Joshua T. Herbeck
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Eric Otto Johnson
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Pontiano P. Kaleebu
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William Kilembe
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Gregory D. Kirk
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Neeltje A. Kootstra
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Alex H. Kral
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Olivier Lambotte
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Ma Luo
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Simon Alexander Mallal
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Javier Martinez-Picado
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Laurence Meyer
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José María Miro
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Pravi Moodley
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Ayesha A. Motala
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James I. Mullins
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Kireem Nam
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Niels Obel
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Fraser J. Pirie
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Francis A. Plummer
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Guido Poli
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Matt A. Price
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Andri Rauch
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Ioannis D. Theodorou
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Alexandra Trkola
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Bruce D. Walker
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Cheryl Ann Winkler
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Jean François Zagury
(4)
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Stephen B. Montgomery
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Angela Ciuffi
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Judd F. Hultquist
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Steven M. Wolinsky
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Gordon J. Dougan
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Andrew Michael Lindsay Lever
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Deepti Gurdasani
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Harriet Cordelia Theed Groom
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Manjinder Singh Sandhu
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Jacques Fellay
Paul J. Mclaren
- Fonction : Auteur
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Immacolata Porreca
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Gennaro Iaconis
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Hoiping Mok
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Subhankar Mukhopadhyay
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Emre Karakoc
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Sara Cristinelli
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Cristina Pomilla
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István Bartha
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Christian W. Thorball
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Riley H. Tough
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Paolo Angelino
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Cher Shen Kiar
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Tommy Carstensen
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Segun A. Fatumo
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Tarryn Porter
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Isobel Jarvis
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William C. Skarnes
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Andrew Roger Bassett
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Marianne K. Degorter
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Mohana Prasad Sathya Moorthy
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Jeffrey F. Tuff
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Eun-Young Kim
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Miriam Walter
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Lacy M. Simons
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Arman A. Bashirova
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Susan P. Buchbinder
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Mary N. Carrington
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Andrea Cossarizza
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Andrea M. de Luca
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James Jerome Goedert
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David B. Goldstein
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David William Haas
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Joshua T. Herbeck
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Eric Otto Johnson
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Pontiano P. Kaleebu
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William Kilembe
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Gregory D. Kirk
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Neeltje A. Kootstra
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Alex H. Kral
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Ma Luo
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Simon Alexander Mallal
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Javier Martinez-Picado
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Laurence Meyer
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José María Miro
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Pravi Moodley
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Ayesha A. Motala
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James I. Mullins
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Kireem Nam
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Niels Obel
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Fraser J. Pirie
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Francis A. Plummer
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Guido Poli
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Matt A. Price
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Andri Rauch
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Alexandra Trkola
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Bruce D. Walker
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Cheryl Ann Winkler
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Stephen B. Montgomery
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Angela Ciuffi
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Judd F. Hultquist
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Steven M. Wolinsky
- Fonction : Auteur
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Gordon J. Dougan
- Fonction : Auteur
Andrew Michael Lindsay Lever
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Deepti Gurdasani
- Fonction : Auteur
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Harriet Cordelia Theed Groom
- Fonction : Auteur
Manjinder Singh Sandhu
- Fonction : Auteur
Jacques Fellay
- Fonction : Auteur
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Résumé
HIV-1 remains a global health crisis1, highlighting the need to identify new targets for therapies. Here, given the disproportionate HIV-1 burden and marked human genome diversity in Africa2, we assessed the genetic determinants of control of set-point viral load in 3,879 people of African ancestries living with HIV-1 participating in the international collaboration for the genomics of HIV3. We identify a previously undescribed association signal on chromosome 1 where the peak variant associates with an approximately 0.3 log10-transformed copies per ml lower set-point viral load per minor allele copy and is specific to populations of African descent. The top associated variant is intergenic and lies between a long intergenic non-coding RNA (LINC00624) and the coding gene CHD1L, which encodes a helicase that is involved in DNA repair4. Infection assays in iPS cell-derived macrophages and other immortalized cell lines showed increased HIV-1 replication in CHD1L-knockdown and CHD1L-knockout cells. We provide evidence from population genetic studies that Africa-specific genetic variation near CHD1L associates with HIV replication in vivo. Although experimental studies suggest that CHD1L is able to limit HIV infection in some cell types in vitro, further investigation is required to understand the mechanisms underlying our observations, including any potential indirect effects of CHD1L on HIV spread in vivo that our cell-based assays cannot recapitulate.