La distribution spatio-temporelle des contaminants dans les cours d'eau doit être prise en compte, notamment pour les prises de décision visant à réduire les risques sanitaires. Les variations de débit et la stratification thermique ont un impact sur cette distribution spatio-temporelle, entre un point de surveillance en amont et une zone d'intérêt en aval. Dans notre site d'étude, le Bassin de La Villette (Paris, France), un modèle hydrodynamique tridimensionnel (TELEMAC-3D) a été utilisé pour estimer l'impact des conditions hydro-météorologiques sur le transport d’une contamination microbiologique de l'amont vers l'aval, où une zone de baignade est ouverte en été. Le modèle a été validé en comparant les résultats de simulation de la température de l'eau et de la conductivité électrique avec des données de terrain à haute fréquence. Deux périodes estivales chaudes, et deux périodes montrant de grandes variations de conductivité ont été simulées. Les résultats de modélisation de la température de l'eau et de la conductivité ont montré un bon accord avec les données de terrain. Enfin, une période de contamination bactérienne survenant après un épisode de pluie a été simulée pour illustrer la capacité du modèle à reproduire le transport de la contamination.