Finding Our Way through Phenotypes
Andrew R Deans
,
Suzanna E Lewis
,
Eva Huala
,
Salvatore S Anzaldo
,
Michael Ashburner
(1)
,
James P Balhoff
,
David C Blackburn
(2)
,
Judith A Blake
,
J Gordon Burleigh
,
Bruno Chanet
(3)
,
Laurel D Cooper
(4)
,
Mélanie Courtot
(5)
,
Sándor Csösz
(6)
,
Hong Cui
(7)
,
Wasila Dahdul
,
Sandip Das
,
T Alexander Dececchi
,
Agnes Dettai
(8)
,
Rui Diogo
,
Robert E Druzinsky
,
Michel Dumontier
,
Nico M Franz
,
Frank Friedrich
,
George V Gkoutos
,
Melissa Haendel
,
Luke J Harmon
,
Terry F Hayamizu
,
Yongqun He
,
Heather M Hines
,
Nizar Ibrahim
,
Laura M Jackson
,
Pankaj Jaiswal
,
Christina James-Zorn
,
Sebastian Köhler
,
Guillaume Lecointre
(8)
,
Hilmar Lapp
,
Carolyn J Lawrence
,
Nicolas Le Novère
,
John G Lundberg
,
James Macklin
,
Austin R Mast
,
Peter E Midford
,
István Mikó
,
Christopher J Mungall
,
Anika Oellrich
,
David Osumi-Sutherland
,
Helen Parkinson
,
Martín J Ramírez
,
Stefan Richter
,
Peter N Robinson
,
Alan Ruttenberg
,
Katja S Schulz
,
Erik Segerdell
,
Katja C Seltmann
,
Michael J Sharkey
,
Aaron D Smith
,
Barry Smith
,
Chelsea D Specht
,
R Burke Squires
,
Robert W Thacker
,
Anne Thessen
,
Jose Fernandez-Triana
,
Mauno Vihinen
,
Peter D Vize
,
Lars Vogt
,
Christine E Wall
,
Ramona L Walls
,
Monte Westerfeld
,
Robert A Wharton
,
Christian S Wirkner
,
James B Woolley
,
Matthew J Yoder
,
Aaron M Zorn
,
Paula M Mabee
1
Department of Genetics University of Cambridge
2 UF - University of Florida [Gainesville]
3 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
4 Department of Botany and Plant Pathology
5 Terry Fox Laboratory
6 ELTE - Eötvös Loránd University
7 GeneDx [Gaithersburg, MD, USA]
8 Département Systématique et Évolution
2 UF - University of Florida [Gainesville]
3 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
4 Department of Botany and Plant Pathology
5 Terry Fox Laboratory
6 ELTE - Eötvös Loránd University
7 GeneDx [Gaithersburg, MD, USA]
8 Département Systématique et Évolution
Andrew R Deans
- Fonction : Auteur
Suzanna E Lewis
- Fonction : Auteur
Eva Huala
- Fonction : Auteur
Salvatore S Anzaldo
- Fonction : Auteur
James P Balhoff
- Fonction : Auteur
Judith A Blake
- Fonction : Auteur
J Gordon Burleigh
- Fonction : Auteur
Bruno Chanet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1237113
- ORCID : 0000-0001-8003-8014
- IdRef : 113516436
Wasila Dahdul
- Fonction : Auteur
Sandip Das
- Fonction : Auteur
T Alexander Dececchi
- Fonction : Auteur
Rui Diogo
- Fonction : Auteur
Robert E Druzinsky
- Fonction : Auteur
Michel Dumontier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1264033
- ORCID : 0000-0003-4727-9435
Nico M Franz
- Fonction : Auteur
Frank Friedrich
- Fonction : Auteur
George V Gkoutos
- Fonction : Auteur
Melissa Haendel
- Fonction : Auteur
Luke J Harmon
- Fonction : Auteur
Terry F Hayamizu
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Yongqun He
- Fonction : Auteur
Heather M Hines
- Fonction : Auteur
Nizar Ibrahim
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Laura M Jackson
- Fonction : Auteur
Pankaj Jaiswal
- Fonction : Auteur
Christina James-Zorn
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Sebastian Köhler
- Fonction : Auteur
Hilmar Lapp
- Fonction : Auteur
Carolyn J Lawrence
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Nicolas Le Novère
- Fonction : Auteur
John G Lundberg
- Fonction : Auteur
James Macklin
- Fonction : Auteur
Austin R Mast
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Peter E Midford
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István Mikó
- Fonction : Auteur
Christopher J Mungall
- Fonction : Auteur
Anika Oellrich
- Fonction : Auteur
David Osumi-Sutherland
- Fonction : Auteur
Helen Parkinson
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Martín J Ramírez
- Fonction : Auteur
Stefan Richter
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Peter N Robinson
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Alan Ruttenberg
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Katja S Schulz
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Erik Segerdell
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Katja C Seltmann
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Michael J Sharkey
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Jose Fernandez-Triana
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Mauno Vihinen
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Peter D Vize
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Lars Vogt
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Christine E Wall
- Fonction : Auteur
Ramona L Walls
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Monte Westerfeld
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Robert A Wharton
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Christian S Wirkner
- Fonction : Auteur
James B Woolley
- Fonction : Auteur
Matthew J Yoder
- Fonction : Auteur
Aaron M Zorn
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Paula M Mabee
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Résumé
Despite a large and multifaceted effort to understand the vast landscape of phenotypic data, their current form inhibits productive data analysis. The lack of a community-wide, consensusbased, human-and machine-interpretable language for describing phenotypes and their genomic and environmental contexts is perhaps the most pressing scientific bottleneck to integration across many key fields in biology, including genomics, systems biology, development, medicine, evolution, ecology, and systematics. Here we survey the current phenomics landscape, including data resources and handling, and the progress that has been made to accurately capture relevant data descriptions for phenotypes. We present an example of the kind of integration across domains that computable phenotypes would enable, and we call upon the broader biology community, publishers, and relevant funding agencies to support efforts to surmount today's data barriers and facilitate analytical reproducibility.
Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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