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Article Dans Une Revue Genes Année : 2022

Origin and Global Expansion of Mycobacterium tuberculosis Complex Lineage 3

Yassir Shuaib
Christian Utpatel
Thomas Kohl
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Ivan Barilar
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Margo Diricks
Nadia Ashraf
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Lothar Wieler
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Glennah Kerubo
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Eyob Mesfin
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Awa Ba Diallo
Sahal Al-Hajoj
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Perpetua Ndung’u
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Margaret Fitzgibbon
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Farzam Vaziri
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Vitali Sintchenko
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Elena Martinez
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Sofia Viegas
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Yang Zhou
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Aya Azmy
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Khaled Al-Amry
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Mandira Varma-Basil
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Anshika Narang
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Solomon Ali
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Patrick Beckert
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Viola Dreyer
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Mwila Kabwe
Matthew Bates
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Michael Hoelscher
Andrea Rachow
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Andrea Gori
Emmanuel Tekwu
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Larissa Sidze
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Assam Jean-Paul
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Veronique Beng
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Francine Ntoumi
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Matthias Frank
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Aissatou Gaye Diallo
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Souleymane Mboup
Belay Tessema
Dereje Beyene
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Sadiq Khan
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Roland Diel
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Florian Maurer
Harald Hoffmann
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Stefan Niemann
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Matthias Merker
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Résumé

Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) Lineage 3 (L3) strains are abundant in world regions with the highest tuberculosis burden. To investigate the population structure and the global diversity of this major lineage, we analyzed a dataset comprising 2682 L3 strains from 38 countries over 5 continents, by employing 24-loci mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number of tandem repeats genotyping (MIRU-VNTR) and drug susceptibility testing. We further combined whole-genome sequencing (WGS) and phylogeographic analysis for 373 strains representing the global L3 genetic diversity. Ancestral state reconstruction confirmed that the origin of L3 strains is located in Southern Asia and further revealed multiple independent introduction events into North-East and East Africa. This study provides a systematic understanding of the global diversity of L3 strains and reports phylogenetic variations that could inform clinical trials which evaluate the effectivity of new drugs/regimens or vaccine candidates.
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hal-03837119 , version 1 (03-11-2022)

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Citer

Yassir Shuaib, Christian Utpatel, Thomas Kohl, Ivan Barilar, Margo Diricks, et al.. Origin and Global Expansion of Mycobacterium tuberculosis Complex Lineage 3. Genes, 2022, 13 (6), pp.990. ⟨10.3390/genes13060990⟩. ⟨hal-03837119⟩
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