Dans cet article, nous présentons une expérience d’annotation manuelle en corpus d’occurrences du lexique scientifique transdisciplinaire en Sciences Humaines et Sociales (SHS). Le choix du domaine des SHS est intéressant dans la mesure où il soulève des difficultés de délimitation lexicale entre le lexique disciplinaire des disciplines des SHS dont relèvent les articles du corpus, le lexique scientifique transdisciplinaire des SHS et les lexiques de langue générale. Ces frontières floues entre les différents lexiques qui sont présents dans les articles scientifiques annotés se révèlent précisément lorsqu’on tente d’annoter et de désambiguïser les occurrences du lexique scientifique transdisciplinaire. Malgré cette difficulté, la ressource annotée pourra être particulièrement utile pour illustrer en corpus le fonctionnement du Lexique Scientifique Transdisciplinaire.