Ce travail s’intéresse au processus d’anthropisation sur la longue durée (XVIe-XXIe siècles) dans la vallée du Doubs, plus précisément de la Bresse jurassienne. En raison de sa richesse écologique et hydrologique liée à l’existence sur place de paléoméandres, cette région de la Franche-Comté est aujourd’hui un centre d’intérêt écologique majeur qui focalise l’intérêt des scientifiques. L’originalité de l’étude réside dans le fait qu’elle utilise les matériaux et les méthodes de l’histoire pour reconstruire les trajectoires de l’anthropisation. Elle met également en perspective l’enjeu de l’anthropocène à travers l’exemple de ce micro-territoire. Pour y parvenir, nous présentons préalablement les matériaux utilisés par l’historien et la méthode propre à sa discipline afin de montrer comment une telle approche peut être intégrée à des projets scientifiques interdisciplinaires associant des paléo-écologues, des hydrologues et des écologues. La seconde partie est consacrée aux fluctuations socio- économiques des communautés locales, à leurs usages de l’environnement et aux ruptures qui en ont résulté. Enfin, nous démontrons que l’anthropocène, en termes de modifications profondes et de perturbations de l’hydrosystème, a des racines très anciennes dans cette partie de la Franche-Comté.