Les monastères médiévaux jurassiens ont été considérés traditionnellement comme étant à l’origine des premières initiatives de peuplement et de défrichement de ce massif montagneux, théorie qui semble aujourd’hui devoir être largement nuancée. Dans le secteur du Jura central, la synthèse de données archéologiques, paléoenvironnementales et textuelles permet de décrire l’évolution du paysage autour des monastères de Morteau, Montbenoît, Mont-Sainte-Marie et Mouthe. Ces quatre établissements sont fondés aux xie et xiie siècles dans les vallées montagnardes de la région de Pontarlier. Si ces espaces sont exploités par l’homme dès la protohistoire, la période d’implantation des monastères coïncide avec une nette recrudescence de l’agriculture et du pastoralisme. Dans un second temps, la période moderne amène une intensification supplémentaire de l’impact anthropique, avec le développement d’activités spécialisées, encouragées notamment par les seigneuries monastiques.