La première intervention archéologique sur le site de la commanderie hospitalière de Saint-Jean-des-Prés à Montbrison (Loire) a été consacrée à la réalisation d’un état des lieux de la chapelle, seul bâtiment conservé de l’ensemble architectural, et à une évaluation du potentiel archéologique du site, dont la construction remonte aux années 1170-1180. Plusieurs axes ont été privilégiés lors de cette opération. Une analyse du bâti de l’extérieur de l’édifice et d’une partie de ses élévations internes a permis de mettre en évidence la présence d’une galerie pouvant appartenir à un cloître du côté sud de la chapelle et d’une porte rapidement murée destinée à desservir l’édifice depuis la galerie, ces deux éléments prenant part au projet architectural primitif, ainsi que de réaliser une première analyse des décors peints successifs de l’intérieur de la chapelle. Si la nef romane est conservée en totalité, à l’exception de sa voûte, dont la date d’effondrement est encore incertaine, le chœur de l’édifice apparaissait partiellement reconstruit en première analyse, mais semblait conserver le plan roman dans sa partie basse, construite en pierres de taille de granite comme la nef, tandis que la partie haute et les contreforts semblaient résulter d’une reconstruction gothique. Les irrégularités des chaînages et des assises de la partie basse en granite laissait cependant douter de l’appartenance de ces parties de l’édifice à la construction primitive. Deux sondages réalisés dans le chœur et à la jonction du chœur et de la nef de l’édifice ont confirmé ces soupçons, grâce à la découverte de parties romanes du chœur en place dans le sous-sol ainsi que l’arrachement du mur du chevet, montrant nettement que celui-ci possédait non pas un plan quadrangulaire à chœur et chevet plats, mais une abside semi-circulaire. Les parties en granite de l’élévation du chevet reposent en outre sur une fondation en petits blocs irréguliers, elle-même assise sur la fondation romane en moellons de granite équarris à tête dressée. C’est donc bien la totalité du chœur qui a été reconstruit, probablement au XIVe ou au XVe s., avec un remploi des pierres de taille romanes pour la partie basse. Ces éléments conduisent à revoir également notre compréhension de l’organisation primitive de la chapelle ; si le chœur gothique occupe une seule travée, les trois autres travées romanes servant de nef, il semble du fait de la taille de l’abside romane (d’un diamètre interne d’environ 6,60 m) que l’organisation romane ne comprenait probablement que deux travées de nef, et une travée droite de chœur avant l’abside. En l’état des recherches, aucun sol à mettre en relation avec l’édifice roman n’a pu être découvert. En revanche, des traces d’une barrière du chœur gothique et d’une partie d’un sol en tommettes glaçurées polychromes ont pu être retrouvées. Les fonctions funéraires de l’édifice ont pu être approchées à travers la découverte de cinq sépultures dans la nef, dont l’état de conservation s’avère satisfaisant sans être exceptionnel, et à travers l’étude des négatifs de deux enfeus de la fin du XIIIe s., et notamment du décor peint de l’un de ces enfeus, appartenant au tombeau d’un prêtre de l’Hôpital nommé Aténulphe, commandeur de Saint-Jean-des-Prés de 1215 à 1248. Le site s’avère dans l’ensemble dans un bon état de conservation, même si les constructions des XIXe et XXe s. nuisent à la lecture de l’ensemble.