HIV-1 subtype B-infected MSM may have driven the spread of transmitted resistant strains in France in 2007–12: impact on susceptibility to first-line strategies
Pierre Frange
(1)
,
Pierre Assoumou
,
Diane Descamps
(2)
,
Antoine Chéret
(3)
,
Cécile Goujard
(4)
,
Laurent Tran
,
Marine Gousset
(5)
,
Véronique Avettand-Fenoël
(3)
,
Laurence Bocket
(6)
,
Samira Tran
,
Jérôme Guinard
(7)
,
Pierre Morand-Joubert
,
Florence Nicot
(8)
,
Jean-Christophe Plantier
(9)
,
Sylvie Rogez
(10)
,
Pierre Wirden
,
Christine Rouzioux
(11)
,
Laurence Meyer
(4)
,
Marie-Laure Chaix
(3)
,
S. Abel
(12)
,
B. Abraham
,
A. Antoniotti
,
R. Armero
,
B. Audhuy
,
H. Aumaitre
,
G. Beaucaire
,
G. Beck-Wirth
,
J.L. Berger
,
L. Bernard
(13)
,
C. Beuscart
,
L. Bodard
,
O. Bouchaud
,
F. Boue
(14)
,
J.-P. Cabane
,
A. Cabié
(15)
,
H. Champagne
,
C. Cheneau
,
J.-M. Chennebault
(16)
,
A. Cheret
,
B. Christian
,
A. Compagnucci
,
V. Daneluzzi
,
Y. Debab
,
P. Dellamonica
(17)
,
F. Delfraissy
,
A. Devidas
,
G. Diab
,
J. Doll
,
C. Drobacheff-Thebaut
,
A. Durel
,
L. Esnault
,
L. Faba
,
E. Froguel
,
D. Garipuy
,
V. Garrait
,
L. Geffray
,
C. Genet
(18)
,
P. Genet
,
L. Gérard
,
J. Ghosn
(19)
,
J. Girard
,
Pascal Girard
,
C. Godin-Collet
,
P. Hochedez
,
B. Hoen
(20)
,
D. Houlbert
,
C. Jacomet
,
V. Jeantils
(21)
,
K. Jidar
,
E. Klement
,
A. Lafeuillade
,
V. Launay
,
A. Leprêtre
(22)
,
Y. Levy
(23)
,
D. Makhloufi
,
D. Malbec
,
B. Martha
(24)
,
T. May
(25)
,
D. Merrien
,
P. Miailhes
(26)
,
C. Miodovski
,
P. Morlat
,
E. Mortier
(27)
,
D. Neau
,
M. Obadia
,
O. Patey
,
L. Pellegrin
(28)
,
V. Perronne
,
P. Philibert
(29)
,
G. Pialoux
,
G. Pichancourt
,
L. Piroth
(30)
,
Y. Poinsignon
,
I. Poizot-Martin
(31)
,
T. Prazuck
(32)
,
V. Prendki
,
F. Du Clary
,
D. Quinsat
(33)
,
A. Regnier
(34)
,
J. Reynes
(35)
,
E. Rosenthal
(17)
,
E. Rouveix
,
D. Salmon
(36)
,
F. Salanville
,
L. Schmitt
,
A. Simon-Coutellier
,
A. Sotto
(37)
,
F. Souala
(38)
,
A. Stein
(39)
,
F. Timsit
,
P. de Truchis
(40)
,
A. Uludag
,
O. Vaillant
(41)
,
R. Verdon
,
A. Verlesch-Langlin
,
J.-P. Viard
,
D. Vittecoq
,
L. Weiss
,
P. Yéni
,
D. Zucman
(42)
,
C. Allavena
(43)
,
T. Allegre
(44)
,
I. Amri
,
B. Autran
(27)
,
C. Bacchus
,
C. Blanc
,
S. Bonne
,
B. Bonne
,
S. Bouchez
,
C. Charlier
(45)
,
H. Consigny
,
C. Duvivier
(46)
,
E. Fourn
,
F. Guiroy
,
T. Huleux
(47)
,
C. Katlama
(48)
,
C. Lascoux
(49)
,
A. Leplatois
,
T. Lyavanc
,
J.-M. Molina
(50)
,
A. Naqvi
(51)
,
G. Nembot
,
Y. Quertainmont
,
F. Raffi
(43)
,
A. Samri
(52)
,
L. Schneider
,
S. Seang
,
B. Seksik
,
M. Shoai-Tehrani
,
L. Slama
,
A. Valentin
,
Y. Yazdanpanah
(53)
,
C. Alloui
,
C. Amiel
(54)
,
P. André
(55)
,
E. André
,
G. Anies
,
F. Barin
(33)
,
P. Bellecave
(56)
,
D. Bettinger
(57)
,
M. Bouvier-Alias
(23)
,
F. Brun-Vézinet
,
A. Calmy
(58)
,
V. Calvez
(48)
,
W. Caveng
,
A. Chaillon
,
S. Chapalay
,
C. Charpentier
,
D. Costagliola
,
J. Cottalorda
(59)
,
C. Delamare
,
C. Delaugerre
(60)
,
J. Dina
,
G. Santos
,
V. Ferre
(61)
,
P. Flandre
(32)
,
H. Fleury
,
S. Fourati
,
C. Gaille
,
G. Giraudeau
,
A. Guigon
,
S. Haim-Boukobza
,
E. Lagier
,
H. Le Guillou-Guillemette
(62)
,
C. Henquell
(63, 64)
,
Jacques Izopet
(65)
,
Lambert Lambert-Niclot
,
M. Leroux
,
A. Maillard
,
I. Malet
(66)
,
Marc Marcelin
,
S. Marque-Juillet
,
B. Masquelier
(56)
,
A. Mirand
(63, 64)
,
P. Morand
,
B Montes
,
L. Mouna
,
C. Noel
,
C. Pallier
(67)
,
G. Peytavin
(68)
,
P. Pinson-Recordon
,
J. Poveda
,
S. Raymond
,
S. Reigadas
(56)
,
A. Roques
(69)
,
A. de Rougemont
(70)
,
C. Roussel
,
P. Schmitt
,
V. Schneider
,
E. Schvoerer
(71)
,
A. Signori-Schmuck
(72)
,
C. Soulié
(48)
,
C. Tamalet
(73)
,
C. Tardy
,
A. Trabaud
,
A. Vabret
(74)
,
S. Vallet
(75)
,
S. Yerly
1
Laboratoire de Microbiologie Clinique
2 Laboratoire de Virologie
3 Laboratoire de Virologie [CHU Necker]
4 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
5 Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades]
6 Laboratoire de Virologie - Laboratoire de Virologie - ULR 3610
7 Laboratoire de microbiologie [CHRU Orléans]
8 Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
9 CHU Rouen
10 Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges]
11 UPD5 Médecine - Université Paris Descartes - Faculté de Médecine
12 SMPSD - Système membranaires, photobiologie, stress et détoxication
13 Département de Pharmacie
14 inconnu
15 CIC - Antilles Guyane - Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane
16 Service des maladies infectieuses et tropicales
17 Hôpital l'Archet
18 Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges]
19 Infectious Diseases Department
20 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
21 Hôpital Jean Verdier [AP-HP]
22 Laboratoire d'Ecologie Numérique et d'Ecotoxicologie
23 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
24 Infectious diseases department
25 BELL - Bell Labs
26 UNICANCER/CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
27 U3B - Unité de Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation
28 CESPA - Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille]
29 Service de Biochimie et d'Hormonologie [CHU Montpellier]
30 Département d'infectiologie (CHU de Dijon)
31 Hôpitaux Sud - Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM]
32 iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
33 IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
34 STMicroelectronics
35 IMEP - Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie
36 service pharmaceutique Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon
37 VBMI - Virulence bactérienne et maladies infectieuses
38 Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes]
39 Université de stuttgart
40 Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP]
41 IBMM - Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard]
42 Hôpital Foch [Suresnes]
43 Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes]
44 Centre Hospitalier du Pays d'Aix
45 UR NIGR - Nivologie
46 Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker]
47 Centre Hospitalier Tourcoing
48 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
49 Service de radiologie [Saint-Louis]
50 Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis]
51 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
52 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
53 LEM - Lille - Economie et Management
54 ERPCB - Equipe de Recherche en Physico-Chimie et Biotechnologie
55 CIML - Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy
56 MFP - Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité
57 CHRU Besançon - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon
58 HUG - Geneva University Hospital
59 Service de chirurgie pédiatrique [Hôpital Lapeyronie-Arnaud de Villeneuve]
60 Service de microbiologie [Saint-Louis]
61 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
62 CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
63 CHU Clermont-Ferrand
64 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
65 CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan
66 Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH
67 LCogn - Neuroimagerie cognitive
68 IAME (UMR_S_1137 / U1137) - Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution
69 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
70 PAM - Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon]
71 Service de Virologie [CHRU Nancy]
72 UVHCI - Unit of Virus Host Cell Interactions = Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte
73 URMITE - Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes
74 Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen]
75 LUBEM - Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne
2 Laboratoire de Virologie
3 Laboratoire de Virologie [CHU Necker]
4 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
5 Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades]
6 Laboratoire de Virologie - Laboratoire de Virologie - ULR 3610
7 Laboratoire de microbiologie [CHRU Orléans]
8 Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
9 CHU Rouen
10 Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges]
11 UPD5 Médecine - Université Paris Descartes - Faculté de Médecine
12 SMPSD - Système membranaires, photobiologie, stress et détoxication
13 Département de Pharmacie
14 inconnu
15 CIC - Antilles Guyane - Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane
16 Service des maladies infectieuses et tropicales
17 Hôpital l'Archet
18 Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges]
19 Infectious Diseases Department
20 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
21 Hôpital Jean Verdier [AP-HP]
22 Laboratoire d'Ecologie Numérique et d'Ecotoxicologie
23 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
24 Infectious diseases department
25 BELL - Bell Labs
26 UNICANCER/CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
27 U3B - Unité de Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation
28 CESPA - Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille]
29 Service de Biochimie et d'Hormonologie [CHU Montpellier]
30 Département d'infectiologie (CHU de Dijon)
31 Hôpitaux Sud - Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM]
32 iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
33 IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
34 STMicroelectronics
35 IMEP - Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie
36 service pharmaceutique Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon
37 VBMI - Virulence bactérienne et maladies infectieuses
38 Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes]
39 Université de stuttgart
40 Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP]
41 IBMM - Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard]
42 Hôpital Foch [Suresnes]
43 Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes]
44 Centre Hospitalier du Pays d'Aix
45 UR NIGR - Nivologie
46 Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker]
47 Centre Hospitalier Tourcoing
48 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
49 Service de radiologie [Saint-Louis]
50 Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint Louis]
51 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
52 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
53 LEM - Lille - Economie et Management
54 ERPCB - Equipe de Recherche en Physico-Chimie et Biotechnologie
55 CIML - Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy
56 MFP - Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité
57 CHRU Besançon - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon
58 HUG - Geneva University Hospital
59 Service de chirurgie pédiatrique [Hôpital Lapeyronie-Arnaud de Villeneuve]
60 Service de microbiologie [Saint-Louis]
61 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
62 CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
63 CHU Clermont-Ferrand
64 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
65 CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan
66 Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH
67 LCogn - Neuroimagerie cognitive
68 IAME (UMR_S_1137 / U1137) - Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution
69 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
70 PAM - Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon]
71 Service de Virologie [CHRU Nancy]
72 UVHCI - Unit of Virus Host Cell Interactions = Biologie structurale des interactions entre virus et cellule hôte
73 URMITE - Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes
74 Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire [Caen]
75 LUBEM - Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne
Pierre Assoumou
- Fonction : Auteur
Laurent Tran
- Fonction : Auteur
Véronique Avettand-Fenoël
- Fonction : Auteur
- PersonId : 917126
- ORCID : 0000-0002-7022-2990
- IdRef : 09320955X
Samira Tran
- Fonction : Auteur
Pierre Morand-Joubert
- Fonction : Auteur
Jean-Christophe Plantier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1248186
- IdHAL : jean-christophe-plantier
- ORCID : 0000-0001-6417-4083
- IdRef : 10049787X
Pierre Wirden
- Fonction : Auteur
Laurence Meyer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756223
- ORCID : 0000-0001-5707-2062
- IdRef : 077686659
B. Abraham
- Fonction : Auteur
A. Antoniotti
- Fonction : Auteur
R. Armero
- Fonction : Auteur
B. Audhuy
- Fonction : Auteur
H. Aumaitre
- Fonction : Auteur
G. Beaucaire
- Fonction : Auteur
G. Beck-Wirth
- Fonction : Auteur
J.L. Berger
- Fonction : Auteur
C. Beuscart
- Fonction : Auteur
L. Bodard
- Fonction : Auteur
O. Bouchaud
- Fonction : Auteur
J.-P. Cabane
- Fonction : Auteur
H. Champagne
- Fonction : Auteur
C. Cheneau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1421639
- ORCID : 0000-0003-2503-9174
- IdRef : 193498367
A. Cheret
- Fonction : Auteur
B. Christian
- Fonction : Auteur
A. Compagnucci
- Fonction : Auteur
V. Daneluzzi
- Fonction : Auteur
Y. Debab
- Fonction : Auteur
F. Delfraissy
- Fonction : Auteur
A. Devidas
- Fonction : Auteur
G. Diab
- Fonction : Auteur
J. Doll
- Fonction : Auteur
C. Drobacheff-Thebaut
- Fonction : Auteur
A. Durel
- Fonction : Auteur
L. Esnault
- Fonction : Auteur
- PersonId : 852761
L. Faba
- Fonction : Auteur
E. Froguel
- Fonction : Auteur
D. Garipuy
- Fonction : Auteur
V. Garrait
- Fonction : Auteur
L. Geffray
- Fonction : Auteur
P. Genet
- Fonction : Auteur
L. Gérard
- Fonction : Auteur
J. Girard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755196
- ORCID : 0000-0001-8627-0404
- IdRef : 112046304
Pascal Girard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754677
- IdHAL : paul-girard
- ORCID : 0000-0001-9332-3308
C. Godin-Collet
- Fonction : Auteur
P. Hochedez
- Fonction : Auteur
D. Houlbert
- Fonction : Auteur
C. Jacomet
- Fonction : Auteur
K. Jidar
- Fonction : Auteur
E. Klement
- Fonction : Auteur
A. Lafeuillade
- Fonction : Auteur
V. Launay
- Fonction : Auteur
D. Makhloufi
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D. Malbec
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D. Merrien
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C. Miodovski
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P. Morlat
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D. Neau
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M. Obadia
- Fonction : Auteur
O. Patey
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V. Perronne
- Fonction : Auteur
P. Philibert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 6610
- IdHAL : pascal-philibert
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G. Pialoux
- Fonction : Auteur
G. Pichancourt
- Fonction : Auteur
Y. Poinsignon
- Fonction : Auteur
V. Prendki
- Fonction : Auteur
F. Du Clary
- Fonction : Auteur
E. Rouveix
- Fonction : Auteur
F. Salanville
- Fonction : Auteur
L. Schmitt
- Fonction : Auteur
A. Simon-Coutellier
- Fonction : Auteur
F. Timsit
- Fonction : Auteur
A. Uludag
- Fonction : Auteur
R. Verdon
- Fonction : Auteur
A. Verlesch-Langlin
- Fonction : Auteur
J.-P. Viard
- Fonction : Auteur
D. Vittecoq
- Fonction : Auteur
L. Weiss
- Fonction : Auteur
P. Yéni
- Fonction : Auteur
I. Amri
- Fonction : Auteur
C. Bacchus
- Fonction : Auteur
C. Blanc
- Fonction : Auteur
S. Bonne
- Fonction : Auteur
B. Bonne
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S. Bouchez
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H. Consigny
- Fonction : Auteur
E. Fourn
- Fonction : Auteur
F. Guiroy
- Fonction : Auteur
A. Leplatois
- Fonction : Auteur
T. Lyavanc
- Fonction : Auteur
G. Nembot
- Fonction : Auteur
Y. Quertainmont
- Fonction : Auteur
A. Samri
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1074945
- IdHAL : assia-samri
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L. Schneider
- Fonction : Auteur
S. Seang
- Fonction : Auteur
B. Seksik
- Fonction : Auteur
M. Shoai-Tehrani
- Fonction : Auteur
L. Slama
- Fonction : Auteur
A. Valentin
- Fonction : Auteur
C. Alloui
- Fonction : Auteur
G. Anies
- Fonction : Auteur
F. Brun-Vézinet
- Fonction : Auteur
W. Caveng
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A. Chaillon
- Fonction : Auteur
S. Chapalay
- Fonction : Auteur
C. Charpentier
- Fonction : Auteur
D. Costagliola
- Fonction : Auteur
C. Delamare
- Fonction : Auteur
C. Delaugerre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 772798
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J. Dina
- Fonction : Auteur
G. Santos
- Fonction : Auteur
H. Fleury
- Fonction : Auteur
S. Fourati
- Fonction : Auteur
C. Gaille
- Fonction : Auteur
G. Giraudeau
- Fonction : Auteur
A. Guigon
- Fonction : Auteur
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- Fonction : Auteur
E. Lagier
- Fonction : Auteur
Jacques Izopet
- Fonction : Auteur
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Lambert Lambert-Niclot
- Fonction : Auteur
M. Leroux
- Fonction : Auteur
A. Maillard
- Fonction : Auteur
Marc Marcelin
- Fonction : Auteur
S. Marque-Juillet
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P. Morand
- Fonction : Auteur
B Montes
- Fonction : Auteur
L. Mouna
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C. Noel
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P. Pinson-Recordon
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J. Poveda
- Fonction : Auteur
S. Raymond
- Fonction : Auteur
C. Roussel
- Fonction : Auteur
P. Schmitt
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V. Schneider
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E. Schvoerer
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : evelyne-schvoerer
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C. Soulié
- Fonction : Auteur
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C. Tardy
- Fonction : Auteur
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S. Yerly
- Fonction : Auteur
Résumé
Background: Our study describes the prevalence of transmitted drug resistance (TDR) among 1318 French patients diagnosed at the time of primary HIV-1 infection (PHI) in 2007-12.
Methods: HIV-1 resistance-associated mutations (RAMs) were characterized using both the 2009 WHO list of mutations and the French ANRS algorithm. A genotypic susceptibility score was estimated for each first-line recommended ART combination.
Results: Patients were mainly MSM (72.6%). Non-B variants were identified in 33.7% of patients. The proportion of TDR was estimated as 11.7% (95% CI 10.0-13.5). The prevalences of PI-, NRTI-, first-generation NNRTI and etravirine/rilpivirine-associated RAMs were 2.5%, 5.2%, 3.9% and 3.2%, respectively. Single, dual and triple class resistance was found in 9.6%, 1.0% and 1.1% of cases, respectively. Additionally, 5/331 strains isolated in 201012 had integrase inhibitor (II)-related RAMs (isolated E157Q mutation in all cases). TDR was more common among MSM than in other groups (12.9% versus 8.6%, P = 0.034), and in case of B versus non-B subtype infections (13.6% versus 7.9%, P = 0.002). The proportions of fully active combinations were >= 99.2%, >= 97.3% and >= 95.3% in cases of PI-, II- and NNRTI-based regimens, respectively. In 2010-12, the proportion of fully active efavirenz-based ART was lower in cases of subtype B versus non-B infection (P = 0.021).
Conclusions: Compared with our previous studies, the proportion of NRTI- and first-generation NNRTI-related TDR has continued to decline in French seroconverters. However, subtype B-infected MSM could drive the spread of resistant HIV strains. Finally, we suggest preferring PI- or II- to NNRTI-based combinations to treat PHI patients.