Les pullulations de campagnol terrestre et de campagnol des champs, deux espèces de rongeurs vivant principalement dans les prairies, sont périodiquement d’une actualité préoccupante pour les exploitations agricoles. Les deux espèces sont les proies principales d’un riche cortège de prédateurs qui contribue à la biodiversité régionale et à leur régulation, mais dont les reports de prédation peuvent impacter localement des espèces d’intérêt cynégétique ou patrimonial. Ces systèmes complexes modulent également la transmission d’un certain nombre de zoonoses intéressant la santé publique et vétérinaire. Ils sont étudiés depuis maintenant une trentaine d’année dans la Zone atelier Arc jurassien (http://zaaj.univ-fcomte.fr). Ils conduisent à des jeux d’acteurs subtils par lesquels des points de convergence doivent être trouvés entre des services écosystémiques qui peuvent apparaître contradictoires a priori : protection des cultures et qualité des produits alimentaires, protection des espèces patrimoniales, production cynégétique, santé, voire tourisme. Ces questions ne concernent plus seulement les zones d’altitude du massif du Jura, mais aussi le Morvan et les zones de grande culture de basse altitude où techniques culturales simplifi ées et semis direct se popularisent. L’objectif de cet article est de montrer quels sont les principaux processus en cause, quelle est leur dynamique à long terme, et quelles sont les conséquences sur la faune et la fl ore régionale des espaces dits « naturels » bourguicomtois. Leur quasi-totalité est de fait anthropogène, c’est-à-dire le résultat transitoire d’économies agricole et forestière adaptatives, dans un contexte biogéographique donné.