La contamination des milieux aquatiques par des micropolluants anthropiques est aujourd’hui averee. Parmi eux figurent des pesticides, des plastifiants, des detergents et les medicaments, qui occupent une place particuliere de par leur tres faible concentration dans l’environnement et la presence potentielle de metabolites. Bien que leur comportement dans les stations d’epuration (Step) soit bien connu, beaucoup moins d’etudes se consacrent a leur devenir dans le milieu recepteur. Dans le cadre des projets Sipibel et Irmise, cet article presente le resultat d’un suivi regulier de 2 ans, de 12 substances pharmaceutiques sur la partie aval du bassin versant de la riviere Arve, des rejets de station d’epuration y compris celui provenant d’un hopital, aux eaux souterraines destinees a la production d’eau potable. L’utilisation de techniques d’analyse de pointe a permis d’atteindre des limites de quantification inferieures a la dizaine de ng/L, compatibles avec la recherche d’ultra-traces. Huit molecules, quantifiees dans les rejets de Step a des teneurs de l’ordre du μg/L, ont egalement ete detectees dans le milieu recepteur, c’est-a-dire l’Arve, a des concentrations entre le ng/L et la centaine de ng/L (paracetamol). Bien que qualitativement different des autres rejets de par sa forte proportion en antibiotiques, l’apport en medicaments du rejet hospitalier en matiere de flux apparait faible compare a celui des rejets domestiques. Trois substances, parmi les huit, ont egalement ete quantifiees dans les eaux souterraines, notamment le sulfamethoxazole, a des teneurs de l’ordre de 2 ng/L. Ce dernier s’avere particulierement resistant aux traitements, y compris a ceux realises dans le cadre de la production d’eau potable et pourrait donc se reveler comme un bon traceur de pollution anthropique dans l’environnement.