Le contexte épistémologique des années 1870, marqué par la diffusion des théories évolutionnistes, est de moins en moins propice au créationnisme et au fixisme autrefois défendus par Cuvier. Ces thèses, qui avaient été par avance invalidées par les hypothèses inverses de Buffon et de son élève Lamarck, sont devenues tout à fait archaïques dans les années 1870. Rien d’étonnant à ce qu’elles fournissent alors dans ce roman des croyances qu’est Bouvard et Pécuchet la principale mythologie de la création du chapitre III. Flaubert met en scène les potentialités fictionnelles de l’archive, avec l’idée qu’il y a un imaginaire de la science et que celui-ci rencontre l’imaginaire des lecteurs, en l’occurrence celui des lecteurs fictifs dans Bouvard et Pécuchet. Dans le chapitre III, à partir de textes scientifiques ou de vulgarisation, Flaubert invente des récits de l’origine du monde, à la fois poétiques et ironiques.