Ces quinze dernières années, les analyses des spores et des pollens conservés dans les milieux humides du Jura se sont surtout intéressées à la Protohistoire, la période romaine et le Moyen Age. Les phases successives d’emprises et de déprises agricoles sont maintenant bien connues. La faible emprise de l’âge du Bronze ancien est très souvent suivie d’une déprise agricole couvrant une bonne partie du Bronze Moyen. Il faut attendre le début du premier millénaire avant J.-C. pour qu’une forte emprise agricole marque l’ensemble de la région ; cette emprise couvrira la presque totalité de l’âge du Bronze final. L’âge du Fer reste plus délicat à cerner surtout parce qu’il est difficile d’obtenir des datations absolues précises pour cette période. Toutefois, la première partie semble systématiquement affectée par un recul des activités agro-pastorales dont l’origine est souvent rattachée à une dégradation climatique. L’époque romaine voit le retour d’un signal pollinique homogène montrant une emprise agricole plus ou moins importante selon l’altitude. La déprise de la transition entre l’époque romaine et le Haut Moyen-Age illustre une fois de plus la non linéarité de ces processus. Il faut attendre le VIIe siècle, et surtout le VIIIe siècle, pour voir réapparaître un signal anthropique régulier, et arriver aux alentours de l’an Mil pour constater un net recul de l’espace forestier. Le cortège des calamités du XIVe siècle sonne le glas de la prospérité agricole médiévale. Les pollens enregistrent parfaitement ce recul des systèmes agro-pastoraux, les espaces abandonnés s’enfrichant de manière plus ou moins marquée suivant les zones géographiques. Le renouveau qui se dessine à l’orée du XVe siècle correspond à une nouvelle phase d’emprise agricole jusque là inégalée et qui verra la quasi disparition des forêts du Massif jurassien. Une réflexion a été engagée sur l’origine de cette succession de phases d’emprises et de déprises agricoles. Il apparaît de plus en plus qu’il s’agit d’une combinaison complexe de facteurs sociaux-économiques et climatiques.