CHIPSTRAFFIC : identification des gènes cibles de facteurs de transcription bovins par ChIP et ChIP-seq dans l'endomètre et les tissus extra-embryonnaires à l'implantation
Résumé
Chez les mammifères, l'implantation se définit par les premiers contacts cellulaires permanents entre l'endomètre utérin et les tissus extra- embryonnaires. En lien avec les processus moléculaires qui sous-tendent cette étape majeure de la gestation, les analyses transcriptomiques menées dans l'équipe ont révélé plusieurs réseaux de gènes organisés autour de facteurs de transcription tels que STAT1 et FOXL2 dans l'endomètre (Mansouri-Attia et al. 2009a, b) et CDX2, DLX3, ETS2 ou OCT4 dans les tissus extra-embryonnaires (Degrelle et al. 2005, 2012). Afin de préciser les fonctions biologiques de ces facteurs de transcription dans les mécanismes moléculaires liés à l'implantation, les analyses portant sur l'expression et la localisation de ces facteurs ont été menées dans les tissus cible (ANR MEETAC). En complément de MEETAC, le projet CHIPSTRAFFIC vise à établir un lien fonctionnel entre une sélection de ces facteurs de transcription et leurs gènes cibles in vivo dans les tissus extra-embryonnaires et dans l'endomètre bovins. L'approche retenue est la technique d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) afin de réaliser une cartographie des sites de liaison (TFBS) pour des gènes candidats (qPCR) et sans a priori (ChIP-seq).