L'exploitation INRA de Mirecourt, dans la plaine des Vosges, et deux exploitations privées, situées dans le Maine et Loire, converties en agriculture biologique, ont fait l'objet d'une étude sur les pratiques et les connexions existant entre les cultures et l'élevage. Les SPCE (Systèmes de PolyCulture Elevage) permettent des économies grâce aux interactions entre ateliers, mais la conversion vers une agriculture biologique et économe en intrants traduit aussi un changement du rapport qu'ont les agriculteurs avec le territoire : en effet, cette autonomie s'accompagne d'une désintensification, d'une re-localisation au travers notamment de l'assolement et d'une dé-spécialisation de l'utilisation du territoire de l'exploitation. Ces systèmes sont alors confrontés à de nouvelles questions comme l'adaptation de l'alimentation selon les ressources disponibles afin d'atteindre l'autonomie alimentaire ou à des changements de conduite comme un recentrage sur la culture de l'herbe. La prairie temporaire connait alors une conduite différente de celle d'une culture annuelle et la gestion du pâturage combinée à la gestion des stocks devient un élément central pour atteindre l'autonomie. Comme le précise Sébastien Couvreur, enseignant-chercheur au groupe ESA et responsable de laboratoire sur les systèmes d'élevage, ces systèmes sont sans cesse en évolution et les agriculteurs doivent avoir une capacité d'adaptation afin de faire évoluer leur conduite face au contexte.