Communication Dans Un Congrès Année : 2011

NeMo: Fast Count of Network Motifs

Michel M. Koskas
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1202708
  • IdRef : 069842000
Gilles G. Grasseau
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 900814
Etienne E. Birmelé
Stephane S. Robin

Résumé

Networks is now the most popular way to describe interaction between biological objects. Studying network motifs is of particular interest in systems biology because these building blocks constitute functional units. We propose a tool to compute and statistically study the total number of occurrences of a given connected sub-graph, called topological motif, in a network. This tool relies on two very efficient algorithms to enumerate and/or count all the occurrences of a given topological motif in a given graph. Moreover, it implements approximate p-value computation in several probabilistic graph models extending some previous statistical results. The method is available through an R package named NeMo.
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NeMo_Fast_Count_of_Network_Motifs.pdf (107) Télécharger le fichier
Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
HAL

A comme version hal-00999907 Objet présenté à une conférence Michel M. Koskas, Gilles G. Grasseau, Etienne E. Birmelé, Sophie S. Schbath, Stephane S. Robin. NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network Motifs. MARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p. ⟨hal-00999907⟩

Dates et versions

hal-01000038 , version 1 (27-01-2025)

Licence

Identifiants

  • HAL Id : hal-01000038 , version 1
  • PRODINRA : 182978

Citer

Michel M. Koskas, Gilles G. Grasseau, Etienne E. Birmelé, Sophie S. Schbath, Stephane S. Robin. NeMo: Fast Count of Network Motifs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jun 2011, Paris, France. pp.53-60. ⟨hal-01000038⟩
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