Les analyses palynologiques menées en domaine lacustre et en tourbière, hors contexte archéologique, suggèrent toujours un environnement très boisé jusqu'au Moyen Âge, malgré la présence fréquente d'indices d'anthropisation de la végétation. Les tout premiers indices liés à des activités agropastorales se manifestent bien avant l'installation des palafittes. Dans la seconde moitié du VIe millénaire avant notre ère, alors que s'achève l'Optimum climatique*, la chênaie mixte cède lentement la place à la hêtraie-sapinière. Dans le même temps, les premiers grains de pollen de céréales accompagnés de quelques héliophiles caractéristiques des milieux anthropisés (plantain, oseille, armoise, chénopode...) apparaissent dans le massif jurassien sur le site de Chalain (450 m), mais aussi plus haut, dans les analyses de la tourbière de Remoray et du lac de Saint-Point (Haut-Doubs, 850 m).