Un certain nombre d'espèces sont traditionnellement perçues comme des pestes agricoles et contrôlées, souvent chimiquement, à des échelles spatiales très étendues, en dépit de leur importance comme espèces-clés dans les écosystèmes régionaux. Dans de tels systèmes, les questions relatives à la gestion des paysages, au contrôle des mammifères pestes agricoles, à la conservation d'espèces protégées, à la gestion d'espèces gibier, à la transmission de pathogènes, ne sont que des points de vues différents sur le même système. Nous illustrerons cette idée par des résultats de recherche obtenus dans la Zone atelier Arc jurassien (ZAAJ), où les changements agricoles et paysagers ont déclenchés, à différentes échelles, une cascade involontaire de conséquences sur les dynamiques de populations de petits mammifères, les relations proies - prédateurs et la transmission de maladies. Ces résultats ont été obtenus par une approche multi-scalaire, et des suivis diachroniques à long-terme, associant organismes techniques agricoles, fédérations de chasse, organismes de santé publique, naturalistes et chercheurs (université/INRA/CNRS). Les connaissances acquises dans ce cadre ont des applications pratiques dans la gestion contextualisée des pullulations de campagnol dans la ZAAJ .