Depuis la fin des années 1990, la " complexité " a le vent en poupe : création d'instituts, de formations, de réseaux, d'appels d'offres publics... on ne compte plus les actions en faveur d'une " nouvelle science " souvent créditée de résultats mirobolants - du moins par anticipation. Face à un tel engouement se pose la question des fondements de cette " nouvelle " science, de ses racines historiques, épistémologiques et des liens qu'elle entretient - ou non - avec les disciplines scientifiques " historiques ". Parce qu'ils regroupent des chercheurs souvent issus de disciplines différentes, les instituts de la complexité pourraient être des lieux de réflexion visant non seulement à " modéliser la complexité " mais aussi à penser leur propre rôle et leur propre science, en un mot, à se penser. C'est en ce sens que l'Institut Rhône-Alpin des Systèmes Complexes - l'IXXI - a mis en place une série d'ateliers et de séminaires destinés à questionner la complexité. Le texte présenté ici est le résultat des réflexions initiées au cours de l'atelier de printemps 2009 sur la question des objectifs des instituts. Il s'appuie également sur une étude empirique menée sur le domaine des systèmes complexes tel qu'il peut être perçu à travers le prisme de la base d'articles scientifiques du Web of Science (WoS). Notre vision de la complexité et de sa mise en pratique est ensuite examinée à la lumière des écrits d'Edgar Morin, notamment sa distinction entre complexité restreinte et complexité généralisée.