Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative - Archive ouverte HAL
Communication Dans Un Congrès Année : 2011

Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative

Simon Penel
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
Christophe Blanchet
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 916329
Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
Pascal Calvat
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 916330
Centre de Calcul de l'IN2P3
Yonny Cardenas
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 916331
Centre de Calcul de l'IN2P3
Clement Gauthey
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 916332
Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
Jean Yves Nief
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 916333
Centre de Calcul de l'IN2P3
Bruno Spataro
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
CV

Résumé

Large scale phylogenomics and comparative genomics require complex computational methods (parsimony, maximum likelihood, bayesian methods, MCMC, etc.) associated with massively distributed calculation. In this respect, grid computing plays a crucial role. Here we present how we processed exhaustive similarity searches on several millions of sequences with BLAST, using two different grids (TIDRA and GRISBI).

Domaines

Calcul parallèle, distribué et partagé [cs.DC]
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Format Vidéo
Format Autre

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https://hal.science/hal-00653022

Soumis le : vendredi 16 décembre 2011-17:24:35

Dernière modification le : dimanche 19 mai 2024-03:09:39

Archivage à long terme le : samedi 17 mars 2012-02:42:39

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Dates et versions

hal-00653022 , version 1 (16-12-2011)

Identifiants

  • HAL Id : hal-00653022 , version 1

Citer

Simon Penel, Christophe Blanchet, Pascal Calvat, Yonny Cardenas, Clement Gauthey, et al.. Utilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative. Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. ⟨hal-00653022⟩

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