Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype
O. Jaillon
(1)
,
J.-M. Aury
(1)
,
F. Brunet
(2)
,
J.L. Petit
(1)
,
N. Stange-Thomann
,
E. Mauceli
(3)
,
L. Bouneau
(1)
,
C. Fischer
(1)
,
C. Ozouf-Costaz
,
A. Bernot
(1)
,
S. Nicaud
(1)
,
D. Jaffe
(4)
,
S. Fisher
,
G. Lutfalla
,
C. Dossat
(1)
,
B. Segurens
(5, 1)
,
Corinne da Silva
(1)
,
Marcel Salanoubat
(1)
,
M. Levy
(1)
,
N. Boudet
(6)
,
S. Castellano
,
Véronique Anthouard
(1)
,
C. Jubin
(1)
,
V. Castelli
(1)
,
M. Katinka
(1)
,
Benoît Vacherie
(1)
,
C. Biémont
(7)
,
Z. Skalli
,
Laurence Cattolico
(1)
,
J. Poulain
(1)
,
Véronique de Berardinis
(1)
,
Corinne Cruaud
(1)
,
S. Duprat
(1)
,
P. Brottier
(1)
,
J.P. Coutanceau
,
J. Gouzy
,
G. Parra
,
G. Lardier
,
C. Chapple
,
K.J. Mckernan
,
P. Mcewan
,
S. Bosak
,
M. Kellis
,
J.N. Volff
,
R. Guigo
,
M.C. Zody
,
J. Mesirov
,
K. Lindblad-Toh
,
B. Birren
,
C. Nusbaum
,
D. Kahn
(8)
,
M. Robinson-Rechavi
(9)
,
V. Laudet
(9)
,
V. Schachter
(1)
,
F. Quetier
(1)
,
W. Saurin
(1)
,
C. Scarpelli
(1)
,
P. Wincker
(1)
,
E.S. Lander
,
J. Weissenbach
(1)
,
H. Roest Crollius
(1)
1
UMR 8030 -
Génomique métabolique
2 Unité mixte de recherche biologie moléculaire de la cellule
3 BROAD INSTITUTE - Broad Institute of MIT and Harvard
4 Department of Atmospheric and Environmental Chemistry [Bothell]
5 *
6 CESR - Centre d'étude spatiale des rayonnements
7 Eléments transposables, évolution, populations
8 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive
9 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
2 Unité mixte de recherche biologie moléculaire de la cellule
3 BROAD INSTITUTE - Broad Institute of MIT and Harvard
4 Department of Atmospheric and Environmental Chemistry [Bothell]
5 *
6 CESR - Centre d'étude spatiale des rayonnements
7 Eléments transposables, évolution, populations
8 BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive
9 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
O. Jaillon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756900
- IdHAL : olivier-jaillon
- ORCID : 0000-0002-7237-9596
- IdRef : 119733374
J.-M. Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
J.L. Petit
- Fonction : Auteur
- PersonId : 911238
- IdHAL : jean-louis-petit
- ORCID : 0000-0002-8566-0571
N. Stange-Thomann
- Fonction : Auteur
C. Fischer
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : cecile-fischer
- ORCID : 0009-0009-6331-9477
C. Ozouf-Costaz
- Fonction : Auteur
S. Fisher
- Fonction : Auteur
G. Lutfalla
- Fonction : Auteur
- PersonId : 175975
- IdHAL : georges-lutfalla
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- IdRef : 131481940
Marcel Salanoubat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183110
- IdHAL : marcel-salanoubat
- ORCID : 0000-0003-1132-6455
- IdRef : 142817473
S. Castellano
- Fonction : Auteur
Z. Skalli
- Fonction : Auteur
Laurence Cattolico
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183099
- IdHAL : laurence-cattolico
- IdRef : 253128889
J. Poulain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756903
- IdHAL : julie-poulain
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- IdRef : 061407232
Véronique de Berardinis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1146372
- IdHAL : de-berardinis-veronique
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- IdRef : 11507869X
Corinne Cruaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768749
- ORCID : 0000-0002-4752-7278
J.P. Coutanceau
- Fonction : Auteur
J. Gouzy
- Fonction : Auteur
G. Parra
- Fonction : Auteur
G. Lardier
- Fonction : Auteur
C. Chapple
- Fonction : Auteur
K.J. Mckernan
- Fonction : Auteur
P. Mcewan
- Fonction : Auteur
S. Bosak
- Fonction : Auteur
M. Kellis
- Fonction : Auteur
J.N. Volff
- Fonction : Auteur
R. Guigo
- Fonction : Auteur
M.C. Zody
- Fonction : Auteur
J. Mesirov
- Fonction : Auteur
K. Lindblad-Toh
- Fonction : Auteur
B. Birren
- Fonction : Auteur
C. Nusbaum
- Fonction : Auteur
P. Wincker
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
E.S. Lander
- Fonction : Auteur
Résumé
Tetraodon nigroviridis is a freshwater puffer fish with the smallest known vertebrate genome. Here, we report a draft genome sequence with long-range linkage and substantial anchoring to the 21 Tetraodon chromosomes. Genome analysis provides a greatly improved fish gene catalogue, including identifying key genes previously thought to be absent in fish. Comparison with other vertebrates and a urochordate indicates that fish proteins have diverged markedly faster than their mammalian homologues. Comparison with the human genome suggests ∼900 previously unannotated human genes. Analysis of the Tetraodon and human genomes shows that whole-genome duplication occurred in the teleost fish lineage, subsequent to its divergence from mammals. The analysis also makes it possible to infer the basic structure of the ancestral bony vertebrate genome, which was composed of 12 chromosomes, and to reconstruct much of the evolutionary history of ancient and recent chromosome rearrangements leading to the modern human karyotype.