Genome duplication in the teleost fish Tretraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype
2 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
3 UMR 8030 - Génomique métabolique
4 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
5 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
6 Unité mixte de recherche biologie moléculaire de la cellule
7 BROAD INSTITUTE - Broad Institute of MIT and Harvard
8 SAE - Systématique, adaptation, évolution
9 DirCom - Direction de la communication
10 DAA - Défenses antivirales et antitumorales
11 LGBM - Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme
12 IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
13 IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
14 URGV - Unité de recherche en génomique végétale
15 IBP - Institut de Biologie des Plantes
16 MPI-EVA - Max-Planck-Institut für evolutionäre Anthropologie = Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology
17 Unité mixte de recherche interactions plantes-microorganismes
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Résumé
Tetraodon nigroviridis is a freshwater puffer fish with the smallest known vertebrate genome. Here, we report a draft genome sequence with long-range linkage and substantial anchoring to the 21 Tetraodon chromosomes. Genome analysis provides a greatly improved fish gene catalogue, including identifying key genes previously thought to be absent in fish. Comparison with other vertebrates and a urochordate indicates that fish proteins have diverged markedly faster than their mammalian homologues. Comparison with the human genome suggests ∼900 previously unannotated human genes. Analysis of the Tetraodon and human genomes shows that whole-genome duplication occurred in the teleost fish lineage, subsequent to its divergence from mammals. The analysis also makes it possible to infer the basic structure of the ancestral bony vertebrate genome, which was composed of 12 chromosomes, and to reconstruct much of the evolutionary history of ancient and recent chromosome rearrangements leading to the modern human karyotype.