Article Dans Une Revue Nature Année : 2004

Genome duplication in the teleost fish Tretraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype

Nicole Stange-Thomann
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Sophie Nicaud
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Sheila Fisher
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Béatrice Segurens
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Benoît Vacherie
Christian Biémont
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Claude Scarpelli
Patrick Wincker
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Jean Weissenbach
Hugues Roest Crollius

Résumé

Tetraodon nigroviridis is a freshwater puffer fish with the smallest known vertebrate genome. Here, we report a draft genome sequence with long-range linkage and substantial anchoring to the 21 Tetraodon chromosomes. Genome analysis provides a greatly improved fish gene catalogue, including identifying key genes previously thought to be absent in fish. Comparison with other vertebrates and a urochordate indicates that fish proteins have diverged markedly faster than their mammalian homologues. Comparison with the human genome suggests ∼900 previously unannotated human genes. Analysis of the Tetraodon and human genomes shows that whole-genome duplication occurred in the teleost fish lineage, subsequent to its divergence from mammals. The analysis also makes it possible to infer the basic structure of the ancestral bony vertebrate genome, which was composed of 12 chromosomes, and to reconstruct much of the evolutionary history of ancient and recent chromosome rearrangements leading to the modern human karyotype.

Mots clés

Dates et versions

hal-02681415 , version 1 (31-05-2020)

Identifiants

Citer

Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Frédéric Brunet, Jean-Louis Petit, Nicole Stange-Thomann, et al.. Genome duplication in the teleost fish Tretraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype. Nature, 2004, 431 (7011), pp.946-957. ⟨10.1038/nature03025⟩. ⟨hal-02681415⟩
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