Depuis les premières purifications de substances naturelles bioactives, des centaines de milliers de composés ont été isolés issus de l’ensemble de la biodiversité. Ce sont essentiellement des méthodes réductionnistes orientées par des essais bioguidés qui ont conduit à la valorisation de plusieurs milliers de molécules. Cependant, on a pu observer ces dernières années un essoufflement de ce type d’approche au profit des méthodes holistiques. En effet, ces dernières permettent d’accélérer la recherche de nouvelles entités chimiques, mais donnent aussi des clefs d’interprétation de systèmes biologiques complexes permettant de modéliser et manipuler le vivant. À ce titre, la métabolomique joue un rôle majeur en tant que produit final de la cascade des -omiques au sein d’un organisme. Ces deux approches, se nourrissent l’une de l’autre : la métabolomique s’appuie largement sur les données spectrales issues des travaux d’isolements de substances naturelles alors que la phytochimie s’est approprié l’outil métabolomique afin d’accélérer ses découvertes. L’exploitation des signaux spectrométriques et particulièrement ceux issus de la spectrométrie de masse dans le cadre de l’analyse de mélanges complexes est un des outils les plus utilisés aujourd’hui. Cependant, malgré des avancées majeures, plusieurs écueils limites ses potentialités telles que la déconvolution des signaux, leurs quantifications ou encore l’absence de bases de données chimiques exhaustives et biosourcées. C’est à ces points particuliers qu’essaiera de répondre une première partie du projet de recherche avant d’aborder la thématique de l’architecture de la chimie du vivant et de sa cartographie en couplant des approches analytiques innovantes à des modèles d’inférences.