La maladie de Chagas est une maladie parasitaire endémique d’Amérique Latine causée par Trypanosoma cruzi. Bien que la majorité des individus infectés demeurent asymptomatiques tout au long de leur vie, environ 30 % d'entre eux développent des formes cardiaques particulièrement graves, connues sous le nom de Cardiomyopathies Chagasiques Chroniques (CCC), pour lesquelles aucun traitement efficace n'a encore été trouvé. Ces cardiomyopathies se caractérisent par une inflammation exacerbée du muscle cardiaque, principalement provoquée par un infiltrat immunitaire composé en grande partie de lymphocytes Th1, de lymphocytes B et de macrophages. Afin de mieux comprendre le processus pathogénique lié aux CCC, nous avons réalisé différentes analyses omiques, incluant génomique, transcriptomique méthylomique. Ces analyses ont été effectuées sur des échantillons cardiaques prélevés chez des individus sains ainsi que chez des patients atteints de CCC. Individuellement, elles nous ont permis de caractériser les processus biologiques impliqués dans les CCC, ainsi que de confirmer l’implication d’éléments épigénétiques, incluant la méthylation de l’ADN et l’expression d’ARN non codant. Des comparaisons entre les profils épigénomiques et transcriptomiques ont confirmé leur importance dans la régulation génétique des CCC. Ces résultats nous ont conduits à effectuer une intégration multi-omiques conduite sur ces données en utilisant l'outil MOFA+. Cette approche a mis en évidence des mécanismes communs à différents patients, tout en identifiant des aspects pathologiques spécifiques à certains d’entre eux. Cela suggère que divers processus biologiques distincts peuvent conduire au même phénotype final. L’ensemble des études menées dans ce projet ont contribué à une meilleure compréhension du processus pathogénique associé aux CCC et ont ouvert la voie à de nouvelles hypothèses quant au développement de cette maladie.