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Thèse Année : 2005

Structural similarity detection methods: characterisation of conserved motifs in protein structure families for genome annotation

Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l'annotation des génomes

Résumé

The identification of the structural similarities in proteins brings multiple information in connection with the relations between the sequences, the structures and the functions of proteins. A protein structural database scanning method and program has been developed that made possible to establish a procedure of classification of protein structures in families. The structural blocks preserved among the structures in the same family can be defined. Three methods of multiple structure comparison working at the local level were developped, each one answering different criteria. They were used to determine local structural blocks common to proteins of the same family. These common structural blocks will constitute a relevant base of cores intended to be integrated in a fold recognition method (threading). This method of prediction of the protein structures only from their sequences can be used at ends of annotation of unknown sequences, the identified similarities being undetectable by the methods using only sequence information. The analysis of these structural blocks will bring also many information about the conservation (and evolution) of the structures.
L'identification des similarités structurales dans les protéines apporte de multiples informations à propos des relations entre les séquences, les structures et les fonctions. Une méthode de recherche de similarités structurales locales dans une banque de structures a été développée. Elle a permis d'établir une procédure de classification des structures en familles. Les blocs structuraux conservés parmi les structures de même famille peuvent ensuite être définis. Trois méthodes de comparaison multiple et locales de structures ont été mises en place, chacune répondant à des critères différents. Elles ont été utilisées pour déterminer des blocs structuraux locaux communs aux protéines d'une même famille. Ces blocs structuraux communs constitueront une base pertinente de coeurs destinée à être intégrée dans un logiciel de reconnaissance de repliement (threading). Cette méthode de prédiction des structures protéiques uniquement à partir de leurs séquences peut être utilisée à des fins d'annotation de séquences inconnues, les similarités identifiées pouvant être indécelables par les méthodes utilisant seulement l'information de séquence. L'analyse de ces blocs structuraux apportera aussi de nombreuses informations quant à la conservation de la structure des protéines.
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Citer

Mathilde Carpentier. Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l'annotation des génomes. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), Sorbonne Universités, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-03959695⟩
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