Au sein d'un état "ni religieux, ni antireligieux", mais "areligieux", selon l'expression d'Aristide Briand en 1905, quelle peut être la place de l'aumônerie républicaine ? Selon cette thèse, l'aumônerie est une conséquence de la séparation des églises et de l'état, mais elle est également une véritable exception à cette séparation, en permettant à "la religion" de pénétrer dans les services publics neutres. Des causes juridiques et historiques ont amené l'état à se séparer des églises. Les exemples étrangers compares à "la séparation à la française" montrent l'originalité de celle-ci, à travers les concepts juridiques de laïcité de l'état, de liberté religieuse des individus, ainsi que de la conciliation de ces deux notions antinomiques, véritable mariage de raison. En second lieu, il n'est plus possible d'évoquer la laïcité de l'état (qui est aujourd'hui une laïcité ouverte), sans intégrer l'existence des aumôneries, ces dernières étant de véritables éléments de définition de cette laïcité. Les aumôneries évoluent dans un système pluriel (diversité territoriale, diversité des cultes) mais avec des limites protectrices (impossibilité pour les sectes de constituer des aumôneries). Toute organisation administrative passe par des structures et des collaborateurs, la thèse s'attache à la recherche en vue d'une harmonisation des statuts des aumôniers et des aumôneries ; toutefois, les difficultés d'uniformisation et l'inégalité des différents cultes face à la mise en œuvre d'aumôneries montrent la nécessite de l'achèvement juridique harmonise de ces statuts. L'aumônerie de 1998 a un visage diffèrent de celui de 1905 : l'état Janus Bifrons n'est plus hostile, mais bienveillant à l’aumônerie, composante du pacte républicain.