L'eau du lac Tanganyika est sujette à des changements dans les caractéristiques physico-chimiques entraînant une détérioration de la qualité de l'eau à une allure remarquable. La présente étude a été réalisée sur le lac Tanganyika dans 4 sites d'échantillonnage et visait à évaluer la qualité de l'eau en référence à (i) son adéquation à la pisciculture, (ii) la détermination de l'état trophique et de pollution des stations échantillonnées, (iii) évaluer la structure qualitative et quantitative de la diversité des planctons en tant que nourriture pour les poissons, (iv) établir un inventaire et une caractérisation taxonomique de la diversité des espèces de poissons et (v) mettre en évidence l'effet des polluants sur l'abondance et la répartition spatiale de l’Ichtyofaune. Les paramètres physico-chimiques et biologiques des échantillons d'eau ont été comparés aux normes internationales souhaitables et acceptables pour la pisciculture et les résultats de l'analyse comparative ont indiqué que le Lac Tanganyika a un potentiel piscicole élevé parce que la plupart des paramètres analysés ont donné des résultats convenables à la pisciculture. L'étude a aussi révélé la présence de 75 espèces piscicoles appartenant à 7 ordres différents et 12 familles dans tous les sites d'échantillonnage et parmi les différentes espèces enregistrées, celles appartenant à l'ordre des Perciformes et à la famille des Cichlidae étaient les plus dominantes. Les valeurs de transparence, de chlorophylle a et de phosphore total indiquent un phénomène d'eutrophisation. Par ailleurs, les stations de Kajaga et Nyamugari ont été trouvées fortement polluées tandis que les stations de Rumonge et Mvugo se sont montrées modérément polluées et à cet effet, trois catégories d'espèces de poissons ont été distinguées en fonction de leur niveau d'adaptation à la pollution: Espèces sensibles à la pollution, espèces tolérantes à la pollution et espèces résistantes à la pollution. En ce qui concerne les résultats planctoniques, il a été constaté que toutes les valeurs obtenues se situaient dans les limites acceptables recommandées en pisciculture et que l'abondance et la diversité des espèces phytoplanctoniques étaient bien supérieures à celles des espèces zooplanctoniques avec 115 espèces appartenant à 7 familles différentes pour les phytoplanctons contre 10espèces appartenant à 4 familles pour la population des zooplanctons dans toutes les stations d'échantillonnage.