Les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien constituent l’un des 34 points chauds de biodiversité. Parmi les îles qui composent cette région, Madagascar est listée comme l’un des 5 points chauds leaders dans le monde, distinction qui tient au niveau d’endémisme exceptionnellement élevé que la grande île abrite en termes d’espèces animales et végétales, et aux risques d'extinction qui pèsent sur cette biodiversité unique. Cependant, la diversité microbienne est parfaitement ignorée, pas un mot sur ce monde trop petit sans doute pour qu’on ait pu en apprécier la diversité. Il s’agit aujourd’hui d’une part de décrire cette diversité dont on peut raisonnablement penser qu’elle comporte un certain nombre de taxons endémiques, notamment pour ce qui concerne les microbes symbiotiques et infectieux qui nous intéressent. Il s’agit également de déchiffrer le rôle des facteurs biotiques et abiotiques dans la dynamique de ces communautés microbiennes, et au delà, de comprendre l’écologie de ces micro organismes dans leur environnement. Nous avons abordé ce travail par une exploration non ciblée des micro-organismes infectant les espèces animales endémiques et introduites. Nous avons par ailleurs étudié spécifiquement les bactéries endo- symbiotiques Wolbachia utilisées dans le développement d’une stratégie de lutte anti vectorielle innovante, et les leptospires, bactéries pathogènes émergentes d’importance médicale dans la région. Nos résultats montrent que la région abrite effectivement des taxons particuliers dont la diversification est étroitement liée à celle des espèces animales qu’ils infectent. L’ensemble de ces travaux indique que les approches biogéographiques permettant de comprendre les patrons de distribution des espèces animales et végétales permettent également de rendre compte de l’histoire évolutive de micro organismes dont certains à potentiel d’émergence.