Cette thèse s'intéresse à la vérification de systèmes automatisables par model-checking. La question sous-jacente autour de laquelle se construit la contribution est la recherche d'un compromis entre différents objectifs potentiellement contradictoires : la décidabilité des systèmes à vérifier, l'expressivité des formalismes de modélisation, l'efficacité de la vérification, et la certification des outils utilisés. Dans ce but, on choisit de baser la modélisation sur des réseaux de Petri annotés par des langages de programmation réels. Cela implique la semi-décidabilité de la plupart des questions puisque la responsabilité de la terminaison est remise entre les mains du modélisateur (tout comme la terminaison des programmes est de la responsabilité du programmeur). Afin d'exploiter efficacement ces annotations, on choisit ensuite une approche de compilation de modèle qui permet de générer des programmes efficaces dans le langage des annotations, qui sont alors exécutées de la manière la plus efficace. De plus, la compilation est optimisée en tirant partie des spécificités de chaque modèle et nous utilisons l'approche de model-checking explicite qui autorise cette richesse d'annotations tout en facilitant le diagnostique et en restant compatible avec la simulation (les modèles compilés peuvent servir à de la simulation efficace). Enfin, pour combattre l'explosion combinatoire, nous utilisons des techniques de réductions de symétries qui permettent de réduire les temps d'exploration et l'espace mémoire nécessaire.