Le traité de Lisbonne présente le rapprochement des dispositions pénales des États membres comme un élément fondamental de la construction de la coopération judiciaire en matière pénale. Il accroît de façon importante le champ de compétence de l'Union européenne pour harmoniser les dispositions pénales substantielles et surtout permet à l'Union d'harmoniser par voie de directive, mécanisme qui ne permet qu'un respect apparent de la souveraineté pénale des États. En réalité, on aboutit à un partage du pouvoir d'incriminer dans lequel les choix essentiels sont réalisés par l'Union européenne. Néanmoins l'option adoptée par le traité de permettre l'harmonisation de certaines incriminations et des peines qui y sont attachées, en l'absence de droit pénal général commun, conduit à s'interroger sur les difficultés de transpositions auxquelles les États vont être confrontées entre transposition conforme et respect de la légalité pénale ainsi que sur la convergence de traitement pénal à laquelle on peut parvenir. Le rapprochement même limité des dispositions pénales prévu par le traité pourrait déboucher sur des concepts pénaux communs mais pas sur une réponse pénale similaire entre États membres.