Epidemiology and phylogenomics of enterovirus A71 in Europe, 2016–2022
Epidémiologie et phylogénomique de l'entérovirus A71 en Europe, 2016-2022
Résumé
Contexte général : Les entérovirus (EV) font partie de la famille des Picornaviridae et du genre Enterovirus, comprenant quinze espèces, dont quatre (EV-A à EV-D) regroupent 116 types, dont 102 sont liés à des infections humaines. Ces infections touchent principalement les enfants, souvent de manière asymptomatique. Les complications graves, comme la méningite aseptique et des troubles neurologiques sévères, restent rares mais peuvent être fatales, surtout chez les nourrissons, jeunes enfants et chez les sujets immunodéprimés. Les entérovirus présentent un taux de mutation élevé (entre 10-3 et 10-4), qui, couplé à la recombinaison génétique, influe sur leur évolution. La recombinaison génétique joue un rôle crucial dans l'émergence de souches épidémiques, comme l'illustrent les poliovirus et plus récemment l'entérovirus A71 (EV-A71). Ce dernier a provoqué des épidémies en Europe, avec des cas neurologiques signalés en 2016 et 2019, en particulier en Espagne et en France. Objectifs de l'étude multicentrique européenne : Cette étude vise à suivre l'évolution de l'EV-A71 en Europe, en examinant sa propagation entre les pays européens entre 2016 et 2022. Elle cherche également à analyser les manifestations cliniques associées aux différents lignages de souches du virus. Matériels & méthodes : Une étude collaborative a été lancée dans le cadre du réseau ENPEN (European Non-Polio Enterovirus Network), avec la participation de 18 équipes issues de 14 pays européens. A partir d’échantillons collectés auprès des différents sites, les génomes viraux ont été amplifiés puis séquencé par Illumina et Nanopore. L’évolution des souches virales ont été analyses par des approches phylogénétiques bayésiennes et la propagation par modélisation phylogéographique. Résultats : les résultats montrent une grande diversité génétique au sein des souches d'EV-A71 en Europe, avec des réorganisations dues à des événements de recombinaison génétique, et une augmentation significative de la population virale en lien avec les épidémies. La phylogéographie indique que la France aurait joué un rôle clé dans l’émergence et la diffusion des lignées C1-like, en particulier au sein de l'Europe. Conclusions principales : L'étude met en évidence l'importance de surveiller l'évolution génétique et la propagation de l'EV-A71 à travers l'Europe, ainsi que les implications cliniques des différentes souches virales. Les résultats peuvent contribuer à mieux comprendre les dynamiques des épidémies et à améliorer les stratégies de prévention et de traitement des infections graves dues aux entérovirus.