Dynamics of viral shedding during ancestral or Omicron BA.1 SARS-CoV-2 infection and enhancement of pre-existing immunity during breakthrough infections
2 PI3 - Physiopathologie de l'immunodépression associée aux réponses inflammatoires systémiques / Pathophysiology of Injury-induced Immunosuppression
3 IAI - Institut des Agents Infectieux [Lyon]
4 CNR - laboratoire associé - Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (dont la Grippe) [Lyon]
5 CIRI-VirPath - Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies [CIRI]
6 HCL - Hospices Civils de Lyon
7 Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL]
8 BIOMERIEUX [Lyon, France]
9 CHLS - Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL]
10 GQG - Gamétogenèse et Qualité du Gamète - ULR 4308
11 Service de Biochimie et Biologie Moléculaire
12 Biogroupe
13 Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL]
14 CNR - laboratoire coordonnateur - Centre National de Référence des virus respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV2) [Lyon]
15 Université de Lyon
16 CIRI-GIMAP - Physiopathologie et biothérapies des infections muqueuses [CIRI]
17 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
18 HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
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Résumé
Autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) can underlie critical COVID-19 pneumonia and yellow fever vaccine disease. We report here on 13 patients harboring autoantibodies neutralizing IFN-α2 alone (five patients) or with IFN-ω (eight patients) from a cohort of 279 patients (4.7%) aged 6–73 yr with critical influenza pneumonia. Nine and four patients had antibodies neutralizing high and low concentrations, respectively, of IFN-α2, and six and two patients had antibodies neutralizing high and low concentrations, respectively, of IFN-ω. The patients’ autoantibodies increased influenza A virus replication in both A549 cells and reconstituted human airway epithelia. The prevalence of these antibodies was significantly higher than that in the general population for patients <70 yr of age (5.7 vs. 1.1%, P = 2.2 × 10−5), but not >70 yr of age (3.1 vs. 4.4%, P = 0.68). The risk of critical influenza was highest in patients with antibodies neutralizing high concentrations of both IFN-α2 and IFN-ω (OR = 11.7, P = 1.3 × 10−5), especially those <70 yr old (OR = 139.9, P = 3.1 × 10−10). We also identified 10 patients in additional influenza patient cohorts. Autoantibodies neutralizing type I IFNs account for ∼5% of cases of life-threatening influenza pneumonia in patients <70 yr old.